JSmol:ドラッグ&ドロップで読込

2014-07-14 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
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「グルコサミン」昨日昼前に、2位にアップ。
だが今朝方再び、3位にダウン。
・-・ - -・

さて、本文。

当「<紙>さんLoG」内で、
JSmol」と検索すると、
十数件見つかる。

現在常用ホストマシンに導入したのは、
今年初めの事:
JSmol 導入

以来、1月(2014-01-22)の記事:
JSmol で分子構造データ検索
  ・・・・・
  ・・・・・
  ここで、右の方に(赤ワクで示した)
   「Load MOL by NAME」
  なるボタンがある。
  これを、クリックしたら、
  ・・・・・
  ・・・・・
  と出たので、
  「Sodium Nitrate」と入れて「OK」をクリックした。
  チャント、3Dの構造が表示された。
  そこで、
  HTML5のcanvas領域、即ち、JSmol表示領域内で、右クリックし、
  現れるメニューから、
  「表示」->「MOLデータを抽出」
  としたら、
  コンソール窓が現れて、
  ・・・・・
  ・・・・・
  と(3D構造データの)「.mol」ファイルが得られる!
  ・・・・・
  ・・・・・
とか、

2月(2014-02-11)の記事:
「.cif」ファイルの表示では...
  ・・・・・
  ・・・・・
  この物質の座標データは、「5000092.cif」で得られる。
  このファイルの中では、原子は2つしか定義されていない:
  ・・・・・
  ・・・・・
  ですが、1組5原子(アルミが2つ、酸素が3つ)で、
  1ユニットセル内に6組入っているとある。
  つまり、単位格子内には30原子あることになる。
  それで、このファイルを読み込んでみた。
  JSmol・・・・・36原子、54結合。
  ・・・・・
  ・・・・・
とか、

とか。

何度か、ローカルに導入したものを使っている。


ここで、対象物質を表示するときに、
JSmol表示領域に、
物質の「.cif」「.xyz」「.mol」「.pdb」ファイル何れでも、
ドラッグ&ドロップするだけで、ロード・表示してくれる。
コトに(今頃になって)気付いた。


このドラッグ&ドロップでの読み込みは、Web版でも出来る!

因みに、
JSmol 導入
で、
  ・・・・・
  「COD:Crystallography Open Database」
  で、1つ( WO3 )を検索して、
    COD ID:1004057
  を見つけ、
  ・・・・・
と書いた、
「1004057」は表示がショボイ(?)ので、
次のCOD-IDの「このページ」にしたが、
これを開いて、・・・

JSmol表示領域(黒い部分)に、
「.cif」「.xyz」「.mol」「.pdb」ファイル何れでも、
ドラッグ&ドロップしてみる。

チャント、表示される。

これは使えますね。

右クリックメニューから“コンソール”を選んで、
「load ・・・」と入力する手間が省ける。

と云うことで、
本日はここまで。


Python 学習に戻る???


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140711

共有結合半径:値一覧

2014-07-08 :  理科部 部活
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「Firefox」今朝方、3位にアップ。
「FM COCOLO」今し方、4位にダウン。
・-・ - -・

さて、本文。

5ヶ月前(2014-02-03)の記事:
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
や、
その1週間後(2014-02-11)の記事:
“.cif”ファイルの表示では...
で、
座標値だけから原子間結合を判定している様子について書いた。

つまり、各ツールは“共有結合半径”の値を保持している?

なお、
5年前(2009-03-24)に、
部活:共有結合半径
を書いているが、・・・

改めて、
そのデータを調べてみた。

(1)Winmostar

インストールディレクトリにある「atoms1.wmx」ファイルにあった。
ファイル先頭から酸素まで:

20000 113 1 0 1 1 0
0 LP 0.828 000170170 0.00000 0.200
1 H 1.200 255255130 1.00794 0.290
2 HE 1.700 217255255 4.00260 1.300
3 LI 1.700 204128255 6.94100 1.230
4 BE 1.700 194255000 9.01218 0.900
5 B 1.700 255181181 10.81100 0.820
6 C 1.700 100130100 12.01100 0.770
7 N 1.550 048080248 14.00674 0.750
8 O 1.520 255013013 15.99940 0.730




(2)Avogadro

インストールディレクトリの bin ディレクトリにある「element.txt」ファイルにあった。
ファイル先頭の集団コメントの次から酸素まで:

#Num Symb ARENeg RCov RBO RVdW MaxBnd Mass ElNeg. Ionization ElAffinity Red Green Blue Name
0 Xx 0.00 0.00 0.00 0.00 0 0 0.00 0 0 0.07 0.50 0.70 Dummy
1 H 2.20 0.31 0.31 1.10 1 1.00794 2.20 13.5984 0.75420375 0.75 0.75 0.75 Hydrogen
2 He 0.00 0.28 0.28 1.40 0 4.002602 0.00 24.5874 0 0.85 1.00 1.00 Helium
3 Li 0.97 1.28 1.28 1.81 1 6.941 0.98 5.3917 0.618049 0.80 0.50 1.00 Lithium
4 Be 1.47 0.96 0.96 1.53 2 9.012182 1.57 9.3227 0 0.76 1.00 0.00 Beryllium
5 B 2.01 0.84 0.84 1.92 4 10.811 2.04 8.298 0.279723 1.00 0.71 0.71 Boron
6 C 2.50 0.76 0.76 1.70 4 12.0107 2.55 11.2603 1.262118 0.40 0.40 0.40 Carbon
7 N 3.07 0.71 0.71 1.55 4 14.0067 3.04 14.5341 -0.07 0.05 0.05 1.00 Nitrogen
8 O 3.50 0.66 0.66 1.52 2 15.9994 3.44 13.6181 1.461112 1.00 0.05 0.05 Oxygen




(3)CIF2Cell

インストールディレクトリにある「elementdata.py」ファイルにあった。
プログラム・ソースコードの中にあるので、
ファイル途中から酸素まで:

# Covalent radii
self.CovalentRadius = {
'H' : 0.32 ,
'D' : 0.32 ,
'Ne' : 0.71 ,
'F' : 0.72 ,
'O' : 0.73 ,

# Covalent radii, stolen from Jmol
self.CovalentRadius2 = {
'H' : .230,
'D' : .230,
'He' : .930,
'Li' : .680,
'Be' : .350,
'B' : .830,
'C' : .680,
'N' : .680,
'O' : .680,


こちらは、
自前(?)と、“Jmol”からの引用(?)
盗用(?):stolen - weblio
 【動詞】
  →steal の過去分詞.
 【形容詞】【限定用法の形容詞】
  盗んだ.
 steal
【動詞】
 盗む
 【類語】 steal は他人のものをこっそり盗む; rob は・・・; pilfer は・・・


(4)Webサイト
「Table of covalent radii」と云うタイトルの
このページ
  Values in this table are based on an analysis
   from the Cambridge Structural Database.
2列の表形式で表示されている。
左側の酸素まで:

Z Symbol r (pm)
1 H 31
2 He 28
3 Li 128
4 Be 96
5 B 84
6 C 76
7 N 71
8 O 66


上記は、以前に“保存”しておいたもの。
だが、このページ現在では、・・・

  「www.profmokeur.ca という名前のサーバが見つかりませんでした。」

になっている。

残念です。

改めて「covalent radii table」で検索してみた。
その中での、
画像検索結果
では、数多くのサイトが見つかる。

この中で、1つ“面白い”かナと思ったのが:
  http://chemistry.about.com/
ですが、・・・・・


本日はここまで。


再び、Python 学習に戻る???


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140215,27,0627

Python 学習:CIF2Cell 再び

2014-06-28 :  理科部 部活
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「C言語」今朝方、2位に陥落。
・-・ - -・

さて、本文。

4ヶ月前(2014-02-13)の記事:
CIF2Cell
で、
  ・・・・・
  なので、
  「cif2cell-1.1.0.tar.gz(10.3MB) 2013-11-08」
  をダウンロードした。
  ・・・・・
  ・・・・・

  ・・・・・
  ・・・・・
  必要な「Python 2.4 or higher」については、
  昨年(2013年)の06月15日の記事:
  「SciDAVis:これも 関数 Fittingツール」
  で、「Python 2.6.4」を入れている。

  早速、「D:/TOOL/CIF2CELL」に展開し、
  其処で、
  「Python setup.py install」
  として、インストールした。

  「D:/TOOL/CIF2CELL/build/scripts-2.6/」に、
  「cif2cell」ファイルが出来た。
  これは、Pythonスクリプトファイル!
  (拡張子は無いが)

  試しに、
  何か1つ .cif ファイルをここに持ってきて、
  「Python cif2cell ~.cif」
  としたら、
  このコンソール窓に変換結果が表示された。
  この時、表示された原子数は、
  単位格子の中に有ると(cifファイルに)記述されている数の分だけ表示された。
  ・・・・・
  ・・・・・
と書いている。


本格的に「Python」に填っているので、
改めて、「CIF2Cell」の機能を勉強しようと思った。

そこで、先ずは“動作確認”を!

  Python cif2cell ~.cif

としたが、import で、エラー発生?

?????????????????
考えてみると、・・・

  「Python setup.py install」

とやっている。
当時は、昔導入した Python のまま。

今は、WinPython になっている。

これ( WinPython )に対しても、インストールが必要。
・・・、ですね。

なので、( インストールを ) 実行。

これで、“動作確認”はOK。


やっと、4ヶ月前に戻った。

これから、頑張って、
「CIF2Cell」の学習に入ります。


本日はここまで。

Python 学習は続く、・・・


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140627

Winmostar 補足

2014-02-15 :  理科部 部活
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-・・・ -・-
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特段(?)の変化は無し。
・-・ - -・

さて、本文。
前々回(2014-02-11)の記事:
「.cif」ファイルの表示では...
において「Winmostar」に関して、
  ・・・・・
  ところが、この「.cif」ファイルを元に、
  30原子の座標を定義した「.xyz」ファイルを作ると、
  ・・・・・
  Winmostar・・・44結合。
  ・・・・・
と書きました。

しかし、これには条件があった。

即ち、
「Winmostar」では、結合させるか否かの関して、
パラメータがあるのは失念していた。

原子間距離が、
共有結合半径の和 ( <--- と解釈している )
の何倍までだったら、
原子間同士を結合するか。
と云う
「Connect」
パラメータがあり、
そのデフォルト(既定値)は、
「1.15」
ですね。

それで、この値を「1.10」に減らすと、
「MSV」と同じ、40本になりました。

スバラシイ。


なお、
当該記事の元となった記事:
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
で、書いた「NaNO3.xyz」に付いては、
下のキャプチャ画像と如くです。

NaNO3_Winmostar.png

即ち、
右上の赤丸で示した「Connect」の値を「1.06」にすると、
青破線で示す、ナトリウム(Na)と酸素(O)との結合は外される。
この距離は、2.3977ですか。(左上赤下線)

-・・・ -・-
因みに、
Na、O の共有結合半径は、それぞれ、1.54、0.73 で、その和は、2.27。
これの、1.05、1.06、1.07 倍は、それぞれ、2.383、2.406、2.429。
(つまり、1.05 倍超で、1.07倍未満。約1.06倍。)
計算で丸め誤差があるが、
この辺りで、結合するしないの判定が成されている。
?????
・-・ - -・


以上、「Winmostar」に関する記事への補足でした。


今後も、
頑張って、学習します。


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140212

CIF2Cell

2014-02-13 :  理科部 部活
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-・・・ -・-
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「Firefox」は昨日downしたが、今朝upで代わらず。
・-・ - -・

さて、本文。
10日ほど前(2014-01-23)の記事:
COD は MySQL 利用
に続いて、「COD」について更に調べていたら、・・・

「サルにでも第一原理計算ができるか?-ABINITを使って-」
なるブログの記事:
セミナーでのチュートリアル
を見つけた。

ここに、
  ・Siの結晶構造の入手
  Inorganic Crystal Structure Database: ICSDから
  Siの結晶構造を入手するのが一番楽と思われます。
   しかし、コマーシャルのICSDは1年間のライセンスで40万円もします。
  ここで欲しい結晶構造の情報とは格子定数、構成原子、
  分率座標、サイト占有率などです。
  基本的にcifファイルがダウンロードできればOKです。
   そこでWebでFreeな
  Crystallography Open Database : CODを使って説明します。
  ・・・・・
とある。

この件は、置いておいて。

その前の記事ですが、
  ・Siの結晶構造の情報
  注意:近いうちにCIF2Cell を用いて結晶構造の入力を説明します。
  今は情けないのですがP1での入力でお許しください。
  ・・・・・
とあるが、
この「CIF2CELL」に注目した。


それで、この「CIF2CELL」について調べてみた。
CIF2CELL - Google 検索
です。

この中から、
(IUCr) CIF2Cell
に注目。

まずは、「IUCr」って何?

  International Union of Crystallography

  The IUCr is an International Scientific Union.
  Its objectives are to promote international cooperation in crystallography
  and to contribute to all aspects of crystallography,
  to promote international publication of crystallographic research,
  to facilitate standardization of methods, units, nomenclatures and symbols,
  and to form a focus for the relations of crystallography to other sciences.

即ち(???)
  連合は、国際科学連合です。
  その目的は結晶学における国際協力を促進して結晶学国際公開メソッド、
  単位、専門語および記号の標準化を促進し、
  他の科学の結晶学の関係の焦点を形成する結晶学的研究を
  促進するためのすべての側面に貢献します。
ってこと???(何のこっちゃ)


まぁ、これも置いておいて、・・・

(IUCr) CIF2Cell
ページの「Description:」では、、
  CIF2Cell generates the geometrical setup of
  a crystallographic cell for a number of electronic structure programs
  from data contained in a CIF file.
  Generates input for the codes ABINIT, CASTEP, CPMD, Crystal09, Elk,
  EMTO, Exciting, Fleur, RSPt, Siesta and VASP.
===
  CIF2Cell は CIF ファイルに含まれるデータから電子構造プログラムの数の
  セルが結晶の幾何学的なセットアップを生成します。
  ABINIT, CASTEP, CPMD, Crystal09, Elk, EMTO, Exciting, Fleur, RSPt,
  Siesta and VASP コードの入力を生成します。
?????


要は、「CIF2Cell」とは、
  CIF 形式ファイルを読み込んで、第一原理計算の為の
  各種ツール用の入力データを生成する
と云うこと。


これは!!!
「CIF」形式ファイルは、(<紙>にとっては)難しいものだが、
此を読み込んで、例えば、構成原子の座標データが得られる???

早速、「References:」にある、
http://cif2cell.sourceforge.net
に行ってみた。

左ペインの中に、「Download CIF2Cell files」リンクがあった。
今(2014-02-12 朝)現在の最新は、
「cif2cell-1.1.4.tar.gz (2.3 MB)」
ですが、サイズが小さい???
こっちが多分フルセット???
「cif2cell-1.1.0.tar.gz(10.5MB) 2013-11-08」

こんな日本語のページもあった:
CIF2Cell
  CIF2Cell は、様々 な電子構造の幾何学的なセットアップ
  CIF (結晶学情報フレームワーク) ファイルから生成するためのツールです。
  プログラムは現在インストールされているバージョン、ASE シエスタ、
  CASTEP、CRYSTAL09、エルク、エキサイティングなフルール、
  RSPt、SPR KKR、VASP、xyz ファイルを含む、人気のある
  電子構造プログラムの数の出力をサポートします。
  プログラムは、コンピューターの物理通信 182 (2011) 1183-1186 で
  公開されています。寛大に引用してください。

なので、
「cif2cell-1.1.0.tar.gz(10.3MB) 2013-11-08」
をダウンロードした。

上記で、サイズが異なる???

ダウンロードした結果では、10.0MB だった。

展開してみると、2ディレクトリと12ファイルがある。
中の「README」ファイルを見ると、

・・・・・
INSTALLATION INSTRUCTIONS

Prerequisites: The program requires Python 2.4 or higher and the
PyCIFRW python package (which will be installed
automatically if not present, see below for manual
installation instructions). Note however that the output
may be slightly different (but formally equivalent)
with Python 2.4 than with later versions.

To install the program in your systems standard location, simply type:
python setup.py install
To choose a different location, add
--prefix=where/you/want/it
to the above line. For help and more options type
python setup.py --help

The installation will also create a directory $PREFIX/lib/cif2cell
that contains the manual and sample cif files.
・・・・・

とあった。

必要な「Python 2.4 or higher」については、
昨年(2013年)の06月15日の記事:
SciDAVis:これも 関数 Fittingツール
で、「Python 2.6.4」を入れている。

早速、「D:/TOOL/CIF2CELL」に展開し、
其処で、
「Python setup.py install」
として、インストールした。

「D:/TOOL/CIF2CELL/build/scripts-2.6/」に、
「cif2cell」ファイルが出来た。
これは、Pythonスクリプトファイル!
(拡張子は無いが)

試しに、
何か1つ .cif ファイルをここに持ってきて、
「Python cif2cell ~.cif」
としたら、
このコンソール窓に変換結果が表示された。
この時、表示された原子数は、
単位格子の中に有ると(cifファイルに)記述されている数の分だけ表示された。

これは、使える!!!

Python で有ることが些か引っ掛かるが。
Perl では出来ないのか???


なお、「cif2cell」ファイルに「.py」拡張子を付けると、

マニュアルにある:
「cif2cell 入力CIFファイル名」
の形式で使えますね。
(拡張子無しはダメなのは、Windows OS では仕方がない事)


この「CIF2Cell」については、
頑張って、学習します。


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140206

「.cif」ファイルの表示では...

2014-02-11 :  理科部 部活
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一昨日から昨日にかけて blogram の更新が止まっていた???
今朝も殆ど変化無し。
・-・ - -・

さて、本文。

今月初め(2014-02-03)の記事:
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
では、
「NaNO3.xyz」ファイルについて、
  ・・・・・
  「JSmol」で読み込んで表示させたが、
  結合が3本・・・・・
  ・・・・・
  「MSV:Materials Studio Visualizer
  (有償製品で、今では体験版は無し。)でみると、
  結合が4本である。
  ・・・・・
  完全フリーのツール「Avogadro
  では、4本。
  ・・・・・
  簡単なユーザ登録を行えば、期限付きで全機能試用可能な、
  「Winmostar
  でも、4本。
  ・・・・・
  機能制限付きのフリー版がある、
  「Mercury
  これも、4本。
  ・・・・・
と云う結果であった。


今度は(難しい?)「.cif」形式ファイルについて見てみた。

「CIF」とは、
Crystallographic Information Framework
あるいは、
Crystallographic Information File
のことで、結晶構造を表現する為のフォーマットですか。

それで、「COD」即ち、
Crystallography Open Database
で、
「Al2O3」なる物質を検索してみたところ、
“Al”と“O”だけから構成されるものが43件見つかる。
その中でも、「Al2O3」は多数あるが、
(なぜだか)「COD ID: 5000092」を選んでみた。
(Aluminium oxide)「Space group: R -3 c :H」とある。

この物質の座標データは、「5000092.cif」で得られる。

このファイルの中では、原子は2つしか定義されていない:

_atom_site_calc_flag
Al1 Al3+ 12 c 0. 0. 0.35216(8) 1. 0 d
O1 O2- 18 e 0.3061(5) 0. 0.25 1. 0 d


ですが、1組5原子(アルミが2つ、酸素が3つ)で、
1ユニットセル内に6組入っているとある。
つまり、単位格子内には30原子あることになる。


それで、このファイルを読み込んでみた。

JSmol・・・・・36原子、54結合。

MSV・・・・・・30原子、40結合。

Avogadro ・・・30原子、 1結合。

Winmostar・・・ 2原子、 0結合。

Mercury・・・・17原子、25結合。

(<紙>としては)「MSV」が正解と思っている。

JSmol は、原子数からして多すぎる。
Avogadro は、原子数は正しいが、結合が???
(エンジンである)Open Babel での変換では、2原子のみ。
Winmostar では、ファイル内に定義されている分だけ。Open Babel と一緒。
Mercury は、??? 分からない。

ところが、この「.cif」ファイルを元に、
30原子の座標を定義した「.xyz」ファイルを作ると、

JSmol・・・・・49結合。

MSV・・・・・・40結合。

Avogadro ・・・35結合。
(Open Babl)・・35結合。

Winmostar・・・44結合。

Mercury・・・・44結合。


「JSmol」では、Al-Al 結合が9本も余計。
「Avogadro」では、Al-Al 結合が3本余計で、Al-O 結合が8本不足。
「Winmostar」「Mercury」では、Al-Al 結合が4本余計。


どうなんでしょう?????


更に、学習してみます。


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140209

Silico

2014-02-09 :  理科部 部活
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一昨日「VM」が6位から4位にup。
また「Firefox」が6にupし、昨日、5位に。
・-・ - -・

さて、本文。

最近の記事:
Win版Avogadro 更新
Winmostar 更新
から、・・・

ふと、「Perl」での処理:
4年前(2009-11-10)の、
PerlMol
PerlMol 導入
を思い出した。

他には?・・・

探していたら、
Silico - a Perl molecular modelling toolkit
を、見つけました。

  Silico is a command line Perl molecular modelling toolkit
   designed to assist in general molecular modelling activities.
  Silico provides file format conversion, molecular manipulation
   and analysis and a simple way to write wrapper scripts around
   other preexisting software packages.

  Silico uses the Perl programming language
   which is installed by default on Macintosh and Linux computers.
  Windows users will need to install a Unix-like environment like Cygwin

とある。

「assist in general molecular modelling activities」とは、
「Avogadro」「Winmostar」に対抗?

「provides file format conversion」とは、
「OpenBabel」に対抗?

そして、
「uses the Perl programming language」なら、
<紙>のお気に入り!

「need to install ・・・ Cygwin」とあるのは、些か気になるが???


取り敢えず、
上の「Installation」メニューのページにある、

  ・・・・・
  Download the GNU tarball package silico.tar.gz from ・・・
  ・・・・・

からダウンロードさせて頂いた。

「silico.tar.gz」(820KB)

です。


ところが、
HOME ページ
の2行目:
  The silico project page is here: ・・・
にある「http://sourceforge.net/projects/silico/」
からでは、
  「silico-0.12.tar.gz」(1.2MB)
?????


よく分からないが、上記ダウンロードしたものを、
「D:/TOOL/Silico/」に展開してみた。

(ディレクトリ名が重複するかもしれないが)
「D:/TOOL/Silico/silico/」以下に5つのディレクトリがある。


そして、
環境変数「SILICO_HOME」に、「D:/TOOL/Silico/silico」を設定し、
「Path」には、「D:/TOOL/Silico/silico/bin」とした。

それで、
「「D:/TOOL/Silico/silico/bin/」に(拡張子無しで)122ヶあるが、・・・

「HOME ページ」から「Use」のページを見ると、
  「read_write_mol2 aconitine.sdf」
とかあったので、

DOSプロンプトで、
「Perl read_write_mol2 hogehoge.mol >hoge.mol」とかやってみたら、
変換(?)された。


例えば、全てに「.pl」を付加すると、
「read_write_mol2.pl hogehoge.mol >hoge.mol」で使える。

これなら、
特に、「Cygwin」は要らないナ。


更に、学習してみます。



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140128

Winmostar 更新

2014-02-07 :  理科部 部活
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「Firefox」一昨日3位に2つup、だが昨日7位に4つdown。
「VM」は一昨日6位にup。
「グルコサミン」今朝方bgはupにも拘わらず、5居にdown。
そうこうしている内に「Firefox」が又1つ、8位にdown。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事(2014-02-05)「Win版Avogadro 更新
に続いて、・・・


元記事(2014-02-03):
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
では、
「Winmostar」は、イマイチ残念だった。
しかし、捨てがたいものである。

それで、今使っているのは、
5年前の、2009-08-03 の記事:
部活:MOPAC 2009 導入
に有るように、「V3.80b」で、VM の Win-XP に導入したもの。
そして、
  ・・・・・
  但し、正確には、Winmostar(14ヶ月)も、MOPAC 2009(12ヶ月)も期限付きです。
  ・・・・・
と書いているように、完全フリーでは無い。


ですが、現在(2014-02-初)では、
Winmostar(TM) JP home
  ・・・ Last Update 2014/1/8
  ・・・・・
また、「Winmostar」に「TM」が付いている。
これまで「WinMostar」と中間を“M”と大文字にしていたが、
「Winmostar」と小文字にすべきですね。


それで、再度利用登録をし、
最新版「winmostar0_setup_4.102.EXE」(7.90MB)
をダウンロードさせて頂いた。
これは、
  ・・・・・
  [ライセンスタイプ] 一般用試用
  ・・・・・
  このライセンスは 3 ヶ月有効です。
  ・・・・・
となっている。
(ド素人の試用期間は厳しくなった)


そして、これも「Avogadro」と同じく、
今回はホスト(Win7x64)マシンにインストールした。


と、・・・・・

構造最適化ツールは?・・・

上記記事「部活:MOPAC 2009 導入
の如く、(当時としての)最新版でした。

これを、VMマシンからコピーして、
ホストに持ってきた。
「Winmostar」の「パスの設定」メニューでPathを設定した。

何とか、ホストでも「Winmostar」経由で「MOPAC2009」は使える。
(但し、「MOPAC2009」は古いゾ!とか出るが)

で、今は?・・・

Stewart Computational Chemistry - MOPAC Home Page
の如く、
 「MOPAC2012」
が最新。
そして、これは、
  MOPAC2012 is MOPAC2009 plus the PM7 and PM7-TS methods.
とある。

一寸漁ってみたら、
こんなページがあった。
「菱化システム」の「MOPAC2012
  ・・・・・
   PM7は次の特長をもつ新しいモデルハミルトニアンです。
  ・Diffuse関数により分子間力の推算精度が向上
  ・精度の高い生成熱および構造の予測
  ・すべての主族元素および遷移金属のサポート
  ・・・・・
こちら(「菱化システム」)は、製品販売代理店(?)

それで、本家では、
  ・・・・・
  If you qualify for Academic not-for-profit use and
   already have a password for MOPAC 2009, go straight to download,
   otherwise request a password and download.
  ・・・・・
だそうで、
「not-for-profit use」だし、(「Academic」か???)、
一応(?)「already have a password for MOPAC 2009」

なので、(パスワード要求を飛ばして)
直接、ダウンロードのページに行ってみた。

 ・ Download 64-bit MOPAC2012 for Windows (・・・)
 ・ Download 32-bit MOPAC2012 for Windows (・・・)
  32-bit MOPAC2012 runs about 25% faster than 64-bit MOPAC2012

とあるので、(処理速度の速い)
32ビット版を、ダウンロードさせて頂いた。

「MOPAC2012_with_a_window_for_WINDOWS_32_bit.zip」(4.12MB)


インストールについては、
何かと(勝手に)お世話になっている、木原先生のページ:
MOPAC2012のインストール
にあった。
  「Download stand-alone 32-bit MOPAC2012 for Windows」
  の方が良かったのかな?

※※※ 確かに、・・・・・
 ※Winmostarで利用する場合は、stand-alone版を選択してください。
 includes a small run-time window版は、
 実行時にQuickWinのウィンドウが開き、経過の一部が画面に表示されます。
 終了時にボタンをクリックしてウィンドウを閉じる必要があります。
※※※


旧「MOPAC2009」では、「.exe」1つだったが、
今度の「MOPAC2012」は、「.exe」の他に「.dll」も必要。


それで、「C:/Program Files/MOPAC/」に解凍し、
「Winmostar」で、「パスの設定」を行った。


試し、・・・

「PM7」が使えた!!!


更に、学習してみます。



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140131

Win版Avogadro 更新

2014-02-05 :  理科部 部活
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「Firefox」が昨日6位、今朝方5位と順調に?up。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事(2014-02-03)「NaNO3 を、JSmol で表示すると…
では、久しぶりに化学系のツールを立ち上げた。

そこでは、「Avogadro」が最高でした。
「NaNO3.xyz」を表示すると、結合がキチント(?)4本になる。

ところで、「Avogadro」は、
2年以上前の、2011-12-21 の記事「MS-Windows でAvogadro
で、
  ・・・・・
  取り敢えず、ホスト(Win7x64)じゃなくて、XP です。(それも、VM マシン)
  導入手順は、簡単です。
  「Avogadro の Main Page」を開き、
  下・左の「Navigation」にある
  大きな「Get Avogadro」ボタンをクリック。
  現在は、「Avogadro-1.0.3-win32.exe」がダウンロードできる。
  ダウンロードまでは、ホスト(Firefox)で行った。
  そして、VM の XP マシンにコピー。
  標準で、(PATH は設定するにして)インストール。
  これで、完了。
  ・・・・・

それで、今ではどうなっているのか?・・・

現状(2014-02-初)では、
「Avogadro-1.1.1-win32.exe」となっている。
(Avogadro 2 0.7.2 もリリースされているが)

それなりに、バージョンアップされているので、
新しいものを導入することにした。
これ(バージョン1.1.1:9.98MB)をダウンロードし、
今度はホスト(Win7x64)にインストールした。
Path はキチンと設定された。

ですが、
メイン・ページには、
 ・・・・・
 ・Flexible: Features include Open Babel import of chemical files,・・・
 ・・・・・
などとある。

つまり、各種形式のファイルは、「Open Babel」で変換している?
この「Open Babel」については、
4年以上前(2009-11-02)の記事「OpenBabel for Win GUI
で書いていた。
当時は、2.2.3b でした。

こちらも、置き換えることにするか?

Open Babel」を見ると、
今は、2.3.2a ですね。
「OpenBabel2.3.2a_Windows_Installer.exe」(11.7MB)をダウンロードして、
やはり、ホスト(Win7x64)にインストールした。

確認のため、GUI版を立ち上げて、変換テスト。
「NaNO3.xyz」を入力して、「NaNO3.mol」で出力すると、
チャント結合が4本となった。

コマンド(CUI)では、
「babel NaNO3.xyz NaNO3.mol」
とかで、
「babel -ixyz NaNO3.xyz -omol NaNO3.mol」
とかで、ファイル形式変換が行われる。

こう変換されれば、
出力された「NaNO3.mol」を「JSmol」で表示させれば結合4本ですね。

「JSmol」に拘るなら、「Open Babel」を利用することになるのかナ?


もう少し、学習してみます。



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140125

NaNO3 を、JSmol で表示すると…

2014-02-03 :  理科部 部活
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今朝方「Firefox」が7位にup。
・-・ - -・

さて、本文。

NaNO3 なる物質「硝酸ナトリウム」について、
この化学物質は、5つの原子から構成され、
それらの座標を「.xyz」ファイル形式で表現すると、
以下の通りでしょうか。

5
NaNO3 : Sodium Nitrate
Na 2.170377 7.394214 0.000000
N 5.091654 7.394214 1.398583
O 4.016332 8.015051 1.398583
O 6.166976 8.015051 1.398583
O 5.091654 6.152539 1.398583


このファイルを「JSmol」で読み込んで表示させたが、
NaNO3_JSmol.png
結合が3本(窒素と3つの酸素)のみで、ナトリウムが孤立している。


しかし、
MSV:Materials Studio Visualizer
(有償製品で、今では体験版は無し。)
でみると、
NaNO3_MSV.png
結合が4本である。


それで、ほかのツールではどうなるのか???

試してみた。


完全フリーのツール「Avogadro
では、4本。

簡単なユーザ登録を行えば、期限付きで全機能試用可能な、
WinMostar
でも、4本。

機能制限付きのフリー版がある、
Mercury
これも、4本。


一方、
非商用の用途では無料の、
VESTA
だと、3本。

完全フリー(?)の
Facio
も、3本。

Discovery Studio (DS)の一部である表示ツールで、フリーな、
DSV」:DS Visualizer
は、「.xyz」ファイルは非対応?(何も表示されない。)


こうなると、「Avogadro」が最高???
次は、「WinMostar」や「Mercury」でしょうか?

一方、
「VESTA」や「Facio」は、「JSmol」と一緒で、イマイチ?
「DSV」は対象外。


もう少し、学習してみます。



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140125,0201

Chemical Identifier Resolver

2014-01-29 :  理科部 部活
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「Firefox」が昨日朝8位にdown。だが、今朝方一気に4位にupした。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事「NCI/CADD の情報」で、

先週(2014-01-22)の記事:
JSmol で分子構造データ検索
で書いた、
NCI/CADD Group Chemoinformatics Tools and User Services
についてまとめたつもりだったが、・・・・・


JSmol 導入」で、見つけた、
「simple.htm」が参照している「NCI/CADD」のサービスに付いて見落しがあった。

当該ホーム・ページ:
NCI/CADD Group Chemoinformatics Tools and User Services
の2番目に載っている、
Chemical Identifier Resolver
を使って、物質構造を検索していた。
のだった。


Getting started ...

This service works as a resolver for different chemical structure identifiers and allows one to convert a given structure identifier into another representation or structure identifier.
It can help you identify and find the chemical structure if you have an identifier such as an InChIKey.
You can either use the resolver web form above or use the following simple URL API scheme:

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/"structure identifier"/"representation"

Example: Chemical name to Standard InChIKey:

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/aspirin/stdinchikey

The service returns the requested new structure representation with a corresponding MIME-Type specification (in most cases MIME-Type: "text/plain").
If a requested URL is not resolvable for the service an HTML 404 status message is returned.
In the (unlikely) case of an error, an HTML 500 status message is generated.


とかいてある。

即ち(?)

 このサービスの異なる化学構造識別子リゾルバーとして動作し、
別の表現に与えられた構造識別子または構造識別子に変換することができます。
 それは識別し、InChIKey などの識別子を持っている場合、
化学構造を見つけることができます。
 上記の競合回避モジュールの web フォームを使用してまたは、
次の簡単な API の URL スキームを使用しています。

  ~~~/chemical/structure/構造識別子/表現形式

         例:名称から InChIKey への変換:
       ~~~/chemical/structure/aspirin/stdinchikey

 サービスは、要求された新しい構造表現に対応する MIME タイプ仕様(大抵、
MIME-Type は、"text/plain" )を返します。
 要求された URL が、サービスを解決できない場合は、
HTML 404 ステータス メッセージが返されます。
 (もしも)エラーの場合、HTML 500 ステータス メッセージが生成されます。

って、分かるかな???


翻訳精度については、置いておいて、・・・・・


元に戻って、

Chemical Identifier Resolver
で、

最初の入力フィールド「Structure Identifier:」に、
例えば(前回記事の)「Sodium Nitrate」と入力し、

次の「convert to:」ドロップダウン選択ボックスでは、
「TwirlyMol(3D)」なんかを、選ぶと面白いかも。

そうして、「Submit」ボタンを押す。

すると、

URL: http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/Sodium%20Nitrate/twirl

と出て、

マウス・ドラッグで回転させることができる分子構造図が表示される!!!


ここで、
これを表示しているページのURL:
「http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure」
に追加してみる。
「/Sodium Nitrate/file?format=sdf&get3d=True」
を。

つまり、

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/Sodium Nitrate/file?format=sdf&get3d=True

として、
そのページを表示してみる。

なんと、

NNaO3
APtclcactv01281419273D 0 0.00000 0.00000

5 3 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
-2.6114 0.0000 0.0272 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-3.3139 -0.9034 -0.3898 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-1.5859 -0.2557 0.6326 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-2.9320 1.1592 -0.1655 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.0420 -0.0001 -0.0703 Na 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 2 0 0 0 0
1 3 1 0 0 0 0
1 4 1 0 0 0 0
M CHG 4 1 1 3 -1 4 -1 5 1
M END
$$$$

が表示されました!!!

これは、

JSmol で分子構造データ検索
で書いた、
「JSmol」が
「表示」->「MOLデータを抽出」
でコンソールに表示しているデータの内容と同一だった。

これは、
前記事「NCI/CADD の情報」に、
追加しないといけない。


頑張ります???


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140126

JSmol で分子構造データ検索

2014-01-22 :  理科部 部活
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前記事で「javascript」が2位(43.80bg)で再ランクイン。
代わりに「VM」が1位(51.48bg)がアウトした。
「Firefox」は8位7位と着実(?)up。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事:
JSmol 導入
の如く、
JmolのHTML5(JavaScript)版「JSmol」を導入した。

展開したディレクトリ:
D:/TOOL/JSmol/jsmol/
の中を見ていたら、・・・

いろいろサンプルファイルがあるが、
「simple.htm」は面白そう。


Webブラウザで開いてみて見ると、
JSmol_simple_x.png
が現れる。

ここで、右の方に(赤ワクで示した)
 「Load MOL by NAME」
なるボタンがある。

これを、クリックしたら、
JSmol_simple_popup.png
と出たので、
「Sodium Nitrate」と入れて「OK」をクリックした。
チャント、3Dの構造が表示された。

そこで、
HTML5のcanvas領域、即ち、JSmol表示領域内で、右クリックし、
現れるメニューから、
「表示」->「MOLデータを抽出」
としたら、
コンソール窓が現れて、


http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/Sodium%20Nitrate/file?format=sdf&get3d=True
__Jmol-14_01201421343D 1 1.00000 0.00000 0
Jmol version 14.0.2 2013-12-14 11:44: EXTRACT: ({0:4})
5 3 0 0 0 0 1 V2000
-2.61140 0.00000 0.02720 N 0 3 0 0 0 0
-3.31390 -0.90340 -0.38980 O 0 0 0 0 0 0
-1.58590 -0.25570 0.63260 O 0 5 0 0 0 0
-2.93200 1.15920 -0.16550 O 0 5 0 0 0 0
7.04200 -0.00010 -0.07030 Na 0 3 0 0 0 0
1 2 2 0 0 0
1 3 1 0 0 0
1 4 1 0 0 0
M END


と(3D構造データの)「.mol」ファイルが得られる!


それで、
「http://cactus.nci.nih.gov/index.html」
とは???
  The NCI/CADD group is a research unit
  within the Chemical Biology Laboratory
  at the National Cancer Institute.
即ち(?)
  NCI/CADD グループは国立癌研究所での
  化学生物学研究所内研究ユニットです。
ですか。(例の機械翻訳)

この「NCI/CADD」ページの中に、
Chemical Structure Lookup Service (CSLS)
がある。

因みに、
2番目の「Search by Text String」
のフィールドに、
「NaNO3」
と入力して、
下にある「search」ボタンをクリック。

すると、
右側の「Chemical IDs」に、

  uuuuu   98B3C7BD518FA27F-uuuuu-01
  FICuS   98B3C7BD518FA27F-FICuS-01
  FICTS   98B3C7BD518FA27F-FICTS-01
  Formula  NNaO3
  InChI   InChI=1S/NO3.Na/c2-1(3)4;/q-1;+1
  InChIKey InChIKey=VWDWKYIASSYTQR-UHFFFAOYSA-N

が出てきた。


まあ、これは置いておいて、・・・・・


最初に見つけた、
「JSmol」の「simple.htm」は、
単なるJSmolによるビューアじゃなくて、
分子構造座標データ検索ツールとして使える???

「Sodium Tungstate」= Na2 W O4
だって出来た。

「Sodium Polytungstate」= 3 ( Na2 W O4 )・9 ( W O3 )
だって。

でも、
「Sodium Metatungstate Hydrate」= 3Na2WO4・9WO3・xH2O
は無かった?

尚、以上の英語による名称は、
American Elements
から得たものです。


更に学習してみます。


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140120

OpenFOAM:MS-Windows版まとめ

2013-12-29 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
4、2、1、0、0、 1、0、0、0、1(38)で、換算ポイント 64pt 。
昨夕「電波法」が10位にup。
「グルコサミン」は日替わりで5位~6位。
・-・ - -・

さて、本文。
先日(2013-12-25)の記事:
今年後半の記事まとめ
でも書いたが、
  ・・・・・
  一時期「Elmer」に填った。
  (今は、OpenFOAM に戻っている)
  「Elmer:並列計算実行」で書いた、
  「OpenFOAM:MS-Windows版 もう一つ」の方に移っている。
  ・・・・・

そこで、
この“もう一つの”ものについて整理する。


Windows版で、64ビットモードで、マルチ走行出来る、ものは、・・・

PENGUINITIS - OpenFOAM 情報
  ・・・・・
  ・ Windows 版を使う。
  OpenFOAM 2.1.x for Win64
   OpenFOAM 2.1.x for Win64
   Windows ネイティブな OpenFOAM 2.1.x。Open MPI によるパラレルに対応。
  OpenFlow: OpenFOAM for Windows
   Symscape
   Windows 用にビルドした OpenFOAM を有償で提供している。
   ビルド手順とパッチが公開されている (OpenFOAM 2.1.x on Windows 64-bit with MS MPI)。
  blueCFD
   blueCAPE
   Windows 用にビルドした OpenFOAM + α を有償で提供している。シングルコア版は無料。
つまり、
1番目の「OpenFOAM 2.1.x for Win64」は、<紙>が「OpenFOAM:MS-Windows版」で書いたもので、
2番目の「OpenFOAM 2.1.x on Windows 64-bit with MS MPI」は、自作(?)手順。
3番目は、有償製品で、無償なのはシングル版。

それから、
<紙>が「OpenFOAM:MS-Windows版 もう一つ
で書いた「Ect」さんが作ったものもある。

以上の4種類の中では、
結局、2つのみ。


この内、「Ect」さんのものの方が、
パラレル環境が「MPICH2」であり、
ダウンロードが手間無く all-in-one で出来ることから、
<紙>にとっての決定版。


以下、このものについて、インストールから使用法までのまとめ。


ダウンロードは、
http://ge.tt/2SfcweG/v/0?c から、「OpenFOAM-2.1.7z」(107 MB)

これを、適切な場所に解凍する。
<紙>は、「D:/TOOL」ディレクトリに解凍。

「D:/TOOL/OpenFOAM-2.1」ディレクトリを見ると、
「DOS_Mode.bat」「setvars.bat」「smpd.bat」
がある。
また、「OpenFOAM-2.1.0」ディレクトリが本体で、
「ThirdParty-2.1.0」ディレクトリの中に、
「mpich2-1.4.1p1」と「ParaView-3.12.0」がある。
以上が、all-in-one と云うこと。


シミュレーション計算をする方法:

(1)シングル走行なら、
 「DOS_Mode.bat」をダブルクリックして、
 現れる「DOS窓」の中で作業する。
 例えば、
 「blockMesh」コマンドで、メッシュ生成し、
 「icoFoam」コマンドで、計算実行。
 結果は「paraFoam」コマンドで「paraview.exe」を起動して、眺める。
以上、Linux ネイティブ版と同じように出来る。
但し、残念ながら、非常に有用な「PyFoam」は使えない。
これは、MS-Windows の仕様(?)の為。

(2)パラレル走行では、
 先ず、「smpd.bat」をダブルクリックして、DOS窓を開く。
 これは、そのままにしておく。
 それから、上記(1)同様。
 「DOS_Mode.bat」をダブルクリックして、
 現れる「DOS窓」の中で作業する。
 「blockMesh」コマンドで、メッシュ生成し、
 「decomposePar」コマンドで、メッシュ分割。
   この時、「decomposeParDict」では「method」として「scotch」を使う。
 そうして、
 「gompi icoFoam」コマンドで、計算実行。
   「mpiexec -n 3 myapp.exe」の様な「mpiexec」では無く、
    並列実行数の指定も要らない!
 「reconstructPar」コマンドで、メッシュ併合。
 結果は「paraFoam」コマンドで「paraview.exe」を起動して、眺める。
となる。


と云うことで、
来年は、基本的にこの Windows版 OpenFOAM ( x64、MPICH2 ) 版がメイン。
ソルバーのカスタマイズをしたくなったら、
CAELinux 2011:OpenFOAM 決定版?
でしょうか???


頑張ろう!!!


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131217

SciDAVis:これも 関数 Fittingツール

2013-06-15 :  理科部 部活
本文の前に、
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5、1、4、1、0 1、0、2、1、0(43)で、換算ポイント 90pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

前回の「QtiPlot:関数 Fittingツール」で、
Wikipedia の記事「QtiPlot」を引用しているが、

  Alternatives

    Main article: Origin (software)#Alternatives and clones
    See also: List of graphing software

  ・ SciDAVis, forked from QtiPlot in 2007
  ・ LabPlot, another Origin clone
  ・ Fityk, MagicPlot more focused on curve fitting
  ・ peak-o-mat, similar to Fityk
  ・ HippoDraw, focussed on graphing
  ・ Veusz, written in Python
  ・ ParaView, for visualizing huge datasets

とある。

それで、「Origin (software)#Alternatives and clones
を見てみた。

  Alternatives and clones

    See also: List of graphing software

  Similar proprietary software includes:
  ・ SigmaPlot
  ・ GraphPad Prism
  ・ IGOR Pro

  Open-source projects inspired by Origin:
  ・ QtiPlot
  ・ SciDAVis, a fork of QtiPlot
  ・ LabPlot, project merged with SciDAVis
  ・ SciGraphica, dormant since 2005

  Other open-source graphing and data analysis software:
  ・ gnuplot, script-driven plotting
  ・ R, statistics
  ・ Fityk, data vizualisation and fitting
  ・ Matplotlib, a plotting library for the Python (programming language)
  ・ Sage_(mathematics_software), an interface for Matplotlib and other plotting software


つまり、

代替ソフトやクローン・ソフト

有償製品
  ・ SigmaPlot
  ・ GraphPad Prism
  ・ IGOR Pro

Origin に触発されたオープン・ソース・プロジェクト
  ・ QtiPlot
  ・ SciDAVis, a fork of QtiPlot
  ・ LabPlot, project merged with SciDAVis
  ・ SciGraphica, dormant since 2005

その他のグラフ作成/データ解析ソフト
  ・ gnuplot, script-driven plotting
  ・ R, statistics
  ・ Fityk, data vizualisation and fitting
  ・ Matplotlib, a plotting library for the Python (programming language)
  ・ Sage_(mathematics_software), an interface for Matplotlib and other plotting software


なお、
 「See also」の方は、
 「List of graphing software
と、沢山のソフトが、一覧表示されている。

また、日本語のサイトは、
グラフ作成ソフト
ですか。



それで、「オープン・ソース・プロジェクト」の4つについて、

「QtiPlot」は前回、Ubuntu 12.04 LTS x64 で試した。
「LabPlot」は、「CAELinux2011」即ち「Ubuntu 10.04 LTS x64」で。
残る2つの内、「SciGraphica」は、2005年で開発がストップ?

そうすると、「SciDAVis」が残る。

「QtiPlot」から分派したものとある。
また、
「LabPlot」と合流しているとある。


それで、
SciDAVis」を見ると、

  SciDAVis (Scientific Data Analysis and Visualization) is
   an open-source cross-platform computer program for
   interactive scientific graphing and data analysis.
  Development started in 2007 as fork of QtiPlot,
   which in turn is a clone of the proprietary program Origin.

つまり、
SciDAVis は、科学系のグラフ作成/データ解析を対話型に行う、
クロス・プラットフォームのオープン・ソース・ソフトである。
2007年に QtiPlot から枝分かれしてスタートし、
有償製品である Origin のクローンを目指している(?)



本家「SciDAVis - Welcome
を見てみた。

右欄には、
  SciDAVis 0.2.4 released
  2010-03-27 23:31:00 +0100

左欄にある、
download」リンク先には、

Linux 系では、
 ・Ubuntu (starting with 10.04, Lucid Lynx)
等々。

で、
MS-Win 版もある!!!

  Thanks to Mauricio Troviano, we have an installer for Windows.

  The installer contains the necessary Qt dlls,
   is able to download and install Python and PyQt.
  The manual is not included due to its size and
   our intention to update it independently of the main releases.
  Note: The installer is designed for 32bit Windows.
     It is reported to run on 64bit Windows
      as well as long as the 32bit version of Python is installed.

このインストーラは、
Qt の dll 群も含めた、オール・イン・ワン。
サイズの問題から、マニュアルは別になっている。
32ビット版のみ。でも、64ビットOSでも動作する。


早速、ダウンロードさせて頂いた。
「scidavis-0.2.4-win32-setup.exe」(9.55MB)

続けてインストールへ。
今回は、初めからホストマシンに。( MS-Win 7 x64 )
途中、(ホストには、Pythonはインストールしていなかったので)
「“Python 2.6”をインストールするか?」
と聞いて来た。(Python では、V2系とV3系は違うみたいですね。)

入れることにした。「V2.6.4」でした。



それから、マニュアルもダウンロードした。
「scidavis-manual-0.1_2008-02-28.zip」(4.51MB)

これを見ながら、少し弄ってみた。

マニュアルには、誤植(?)が多い。
プログラムの改修とマニュアルの訂正が一致しないのか???


SciDAVis.png


fork しただけあって、
見た目は「QtiPlot」そっくりですね。


これで、決まりか?????


もう少し、勉強してみます。



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OpenFOAM:改造(2)

2013-06-03 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
5、1、4、1、0 1、2、0、0、0(43)で、換算ポイント 89pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

今年1月(2013-01-20)に
OpenFOAM:改造方法」を書いた。

  icoFoam を、porous_icoFoam に改造する様な


今回は、

本格的(?)な、
How to add temperature to icoFoam
つまり、
「icoFoam」に温度情報を追加する方法
ですね。

「icoFoam」は、
速度ベクトルの「U」
と、
圧力スカラの「p」
に付いてのものですが、

更に、温度スカラ「T」
を含めて、計算する。


これは!
と云うことで、勉強しました。


前書きは、

  1 How to add temperature transport to icoFoam

   This HOWTO will cover rudimentary methods for
  altering an existing solver (icoFoam) to solve thermal transport.
   The main items to be accomplished are first,
  to copy and test that your installation of OpenFOAM
  can compile the existing solver correctly.
   Once that is accomplished,
  various small changes are necessary to the solver files themselves
  and these will be detailed below.
   Finally, new fields have to be added to the initial
  and boundary conditions and alterations to the fvSchemes file.

つまり、
   この HOWTO は、熱伝導を解くために、
  既存のソルバ(icoFoam)を改造する、基礎的な方法を解説する。
   先ず最初に、既存のソルバを、コピーして、
  正しくコンパイル、実行が出来るか。
   それがうまく行ったら、
  後で述べる幾つかの必要な小改造を行う。
   最後に、新しい場(T ですね)を追加し、
  初期&境界条件を追加定義し、fvSchemes を修正する。
と云うことでしょうか。


そして、以下、

  2 Copy and recompile icoFoam

  3 Adding the temperature field

  4 Adding a new equation to solve

  5 Add a new file for initial and boundary conditions

  6 What to add in fvSchemes and fvSolution

で、完成。


最初の、
  既存ソルバをコピーしてきて、
  コンパイルして、実行できるか?

この当たりは、
前回記事で書いた「PENGUINITIS」さん解説で勉強しました。


次の
  「温度場の追加」
つまり、
  「createFields.H」の修正
これも、
勉強しています。


続く、
「解くべき新しい方程式の追加」
  //add these lines...
      fvScalarMatrix TEqn
      (
       fvm::ddt(T)
       + fvm::div(phi, T)
       - fvm::laplacian(DT, T)
      );

      TEqn.solve();
  //done adding lines...

この様にする!!!


そして、
「transportProperties」

「初期条件」、「境界条件」
更には、
「T」ファイル
の追加。


最後に、
「fvSchemes」と「fvSolution」ファイルを
修正する。



それで、
「wmake」して、

その場に出来た、「my_icoFoam」を

「./my_icoFoam」
で実行。


出来ました!!!!!!!!!!


これからも、
頑張って、勉強しよう。



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