Ubuntu のコードネーム一覧 ・ 表組み表示

2010-09-11 :  Linux系

<紙>が使っている Linux は、Ubuntu ですが、
使えるソフトを探していると、対応するバージョンが、
「Hardy」とか、「Lucid」とか、といった名称で表記されています。
これらは、Ubuntu のコードネームなのですね。

Ubuntu 素人の<紙>としては、バージョン番号でないと不便です。
そこで、バージョン番号とコードネームの対応をメモしておきたいナ。

それなら、「Ubuntu Japanese Team」の「プロダクト一覧のページ」でしょうか。

最近、「Claptanさん」の9月6日の記事の如く新版のベータ版がでていますね。
--->「Ubuntu 10.10 Beta

そこで、8.04 以降で、デスクトップ版について、纏めてみました。
それも、表形式での表記が分かり易いですね。
ついでに(?)、HTML の勉強をして、表組み(<TABLE>)を使ってみました。

以下ですが、
表の中身は、基本的に「Ubuntu Japanese Team」のものです。
コピー&ペーストをお許し下さい。


 バージョン毎の、リリース日、サポート期限。(8.04 以降、デスクトップ版)
 コードネーム バージョン  リリース日 サポート期限 
 Maverick Meerkat  10.10 予定 ---
 Lucid Lynx 10.04 LTS 2010年 4月29日 2013年 4月
 Karmic Koala  9.10 2009年10月29日  2011年 4月
 Jaunty Jackalope  9.04 2009年 4月23日 2010年10月
 Intrepid Ibex  8.10 2008年10月30日 終了
 Hardy Heron  8.04 LTS 2008年 4月24日 2011年 4月



まだ勉強不足で、<TABLE>については基本中の基本しか使っていませんが。(汗;

<TABLE>
<TR><TD>1行1列</TD><TD>1行2列</TD></TR>
<TR><TD>2行1列</TD><TD>2行2列</TD></TR>
</TABLE>

と云った形式ですか。
これらに、詳細パラメータ(?)を付けると良いのかな?


今後 Ubuntu(Linux)のソフトを探すときはこれで確認します。        


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Linux で化学

2010-09-10 :  Linux系
<紙>のLinux は、Ubuntu です。それも、VM ですが。
Ubuntu 10.04 (x64) では、
「アプリケーション」メニューに、「Ubuntuソフトウェアセンター」があり、
「科学&工学」分類に「化学」があり、
その1番目に、「Avogadro」と云う分子構造エディタがある。
その下には、「BALLView」なる、Molecular modeling and visualization tool もある。

この2つ、早速インストールしてみました。

Ubuntu_Avogadro.gif


クリックするだけで、ほぼ、あっと言う間にインストールが終了。
メニューに追加されています。
Ubuntu1004_menu.gif

6月に行った「Kalzium のインストール」では手こずりましたが、
これは簡単ですね。(クリック1回!)

これで、「AKB」揃い踏み?(笑)


「Avogadro」を起動して、
「ファイル」メニューの「開く」で、
メタン分子(a0001.pdb)を開くと、
(これは、木原先生のサイトからダウンロードさせて頂いたもの)

Avogadro_a0001pdb.gif

ビューアとしてでも行ける。(当然か)


昨年(2009年)5月に「Winmostar これ1本!」と書きましたが、
Linux(少なくとも Ubuntu 10.04)なら、「Avogadro これ1本!」(って云える?)
「BALLView」の方 カ ナ ?・・・・・もう少し調べ(勉強し)ます。

と云うことで、(VM の)「Linux で 化学」でした。         


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Linux で Jmol

2010-09-08 :  Linux系
ICSD の Jmol」は結晶構造表示では、素晴らしいツールですね。

この「Jmol」はその名の通り、「Java」で作られており、
「Java」はクロスプラットフォーム、即ちどんなOS上でも動く。
ならば、Linux でも Jmol が動くはず。

そこで、手持ちのLinuxマシンで動かしてみようと試してみました。
<紙>のLinuxマシンは、当然(?)、VMの「Ubuntu 10.04 LTS x64」ですね。

マシンを立ち上げ、
(久しぶりだったので、215件のアップデートがありました)
「<紙>さんLoG」から入って、・・・・・
見事に!?「Java Runtime Environment が無い」とでました。
(それから、ポップアップは、Firefox でもデフォルトでは不許可でした)

どうしよう???
「Synaptic パッケージ・マネージャ」で、・・・・・

あれやこれやと、Java関係のパッケージを選んでインストールしたところ、
Javaは動いているようだが、変なエラーで表示されない???

・・・・・

ひょっとして、「ICSD の Jmol」は使えないのか?

分子構造座標データ2
で、
 「木原 寛 先生のHP」には、
 「計算化学入門」の「Jmol による分子モデルの表示(PDB形式データ集)
 があり、
 多くの分子について3D構造を「Jmol」で表示できます。
と書きました。

そこで、
「木原」先生のページに行き、1つ分子を選んで表示させてみました。
ちゃんと、Jmol(Java?)が動いて表示されました。


さて、Java実行環境のインストールはどうしたんだっけ?
手順を整理しておこうっと!

VM マシンの現状」の通り、
VM ですが、Ubuntu 10.04 x86 もあります。
そこで、これを立ち上げ、(215件のアップデートは保留して)
「Synaptic パッケージ・マネージャ」での手順をまとめます。


最初は、「jre」で検索して、「default-jre」を選んでみました。
いくつかの依存関係のパッケージも一緒にチェックされ、
「適用」ボタンで、インストールされました。

JRE_Linux_x.gifクリックで拡大(別窓)

Webブラウザ(Firefox)を再起動して、・・・・・
未だ、Java がインストールされていない、と出た!?

それでは、と「Java runtime」で検索して「これかな」と「libgcj-common」
つまり、「Java ランタイムライブラリ(共通ファイル)」を選んで、
インストールしました。

Java_RT_Linux_x.gifクリックで拡大(別窓)

ブラウザ再起動で、・・・・・
今度は、キッチリ表示されました。

Jmol_Ubuntu1004x64.gif

と云うことで、Linuxマシン(VM の Ubuntu 10.04)でJmolが動きました!


再度、「ICSD の Jmol」を起動してみましたが、先方の問題ですね。
ICSD_Jmol_Linux_NG.gifクリックで拡大(別窓)

そして、「Jmol Crystal Symmetry Explorer」では?
ストールしているようで、ダメでした。


通常のJmolは問題ないが、Bob Hanson教授が作ったものは MS Windows 専用???
なのかな?

と云うことで、VM の Linux(Ubuntu 10.04) で化学でした。 ン?         


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Kalzium インストール2

2010-06-16 :  Linux系
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Kalzium インストール」では、手こずりました。
(まさか、最新バージョンでは上手く行かないとは?)

ところで、Claptan さんからの指摘がありました。
  ターミナルで、
  # apt-get install kalzium
  するだけで、インストールできるのでは?

確認しなければ。
でも、手持ちのLinux(Ubuntu)マシン(VM ですが)は、2台とも使い切りました。

そこで、もう1台 Linux(Ubuntu) マシンを作りました。やはり、VM です。
これは、「Ubuntu 10.04 i386」としました。

このマシンでインストールしたら?

「アプリケーション」メニューの「アクセサリ」の「端末」で、
「sudo apt-get install kalzium」
としたところ、インストールが開始され、
程なく、終了しました。

インストール出来ました。
たった1行の入力だけで!


実行結果:前回と同じ「酸素」ですが、
クリックで拡大(別窓)

OKですね。


素晴らしい!
KDEアプリの導入は簡単ダ?!

claptanさん、ご指摘、有り難う御座いました。
やはり、Linux は(GUI に頼らず)CUI を基本とすべきですね。

と云うことで、Linux(Ubuntu)の勉強が進みました。     



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VM-XP andLinux は ダメだ

2010-05-05 :  Linux系
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VM-Linux があるけど、
VM-XP に andLinux を導入 しました。
機能的には、使えるかナ? でした。

そこで、VM-Linux の CP2K と比較するため、
VM-XP andLinux にも「CP2K」をインストールしてみました。
手順は、従前PC(XP マシン)の andLinux の時と一緒です。

ところが、性能的には全くダメでした。
VM-Linux の CP2K では、約5分であったものが、
この「VM-XP andLinux」では、
なんと、28分も掛かった!?!

メモリを、VM-XP に 2GB割り当てて、
その内の 1GB を andLinux に割り当てる。
また、CPU を2つにしてみました。
が、改善されませんでした。

これでは、使い物にならないですね。
まあ、VM-Linux があれば、要らないですか。

「andLinux」は、実機が32ビット MS-Windows のためのものですね。
64ビット MS-Windows なら、VM でLinuxマシンをつくれば十分でした。


と云うことで、andLinux は捨て です。     



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Ubuntu 10.04 LTS x64

2010-05-03 :  Linux系
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新PC 環境も落ち着いてきたので、
Linux(Ubuntu)の64ビット版を導入してみました。


Linux(Ubuntu) 導入」では、「8.04.2」と、
8.04 LTS の Rev.2 で、32ビット版でした。

今度は、「9.10」の 64ビット版を、と思いました。

Ubuntu Japanese Team」にある
「Ubuntu 9.10 Desktop 日本語 Remix版」は、32ビット版なのです。

本家の「Ubuntu Home Page」に行ったら、
なんと「Ubuntu 10.04 LTS」になっていました。

2年ぶりの長期サポート版 Ubuntu 10.04 LTS リリース、・・・・・
だったんですね。
4月29日リリースされたばかりのものです。

早速、64ビット版をダウンロードしました。
「ubuntu-10.04-desktop-amd64.iso」697MB でした。
(intel CPU でも「AMD」なんですね)

サイトのインストール手順には、
 Step 1: Download Ubuntu CD image
  32ビット版/64ビット版 ISO ファイル
 Step 2: Burn your Ubuntu CD
  After the ISO file has finished downloading,
  you will have to burn the file to CD.
  The ISO file will usually require a special application to burn.
  Click the link below to find detailed instructions.
 Step 3: Install Ubuntu
  When the CD is ready, simply put it in your CD drive,
  restart your computer and
  follow the instructions that will appear on your screen.
  Don't forget that you can create more copies and
  pass the CD to as many people as you like.
CD に焼いて、云々・・・ とありますが、

<紙>は、VMware 仮想PC なので、
ISO ファイルのままで十分です。

「VMware Player 3.0.1」で新規PCを作り、
 HDD・・・20GB(規定値)
 MEM・・・3GB(奮発して?)
 CPU・・・2ヶ(今後は Dual で行こうと)

ゲストのCDドライブに、ホストの ISO ファイルをマウントして、
ウイザード(7画面)に従うこと約15分。
(最初は、日本語を選択する)
インストール完了。

多言語対応のようで、自然に日本語表示になります。


そして、「VMware Tools」はインストール必須。
ガイドに従って、「tar」で展開し、「perl」スクリプトを実行。
(極端に云えば、Retキーを6+3+2+1 の12回押すだけ)
これで、完了!

今回のバージョンアップは、「音楽」系のサポート強化なのかな?
<紙>の主な興味とは異なるが。

で、どこがどう変わったのか、良く分かりませんが(汗;

とりあえず、動いています。(当たり前か)
クリックで拡大(別窓)

窓を最大化/最小化するボタンなどは、
MS Windows では右上にあるが、
それとは違って、左上に並んでいるんですね。


と云うことで、これで、何をするか???      



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書庫を IE でダウンロード?

2010-04-29 :  Linux系
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VM-Linux:CP2K 導入」などに関係する話しです。

計算化学系に限らず、有用な(?)ソフトは、Linux 系に多い。
そして、大抵は、「cp2k.tar.gz」などのように圧縮されている。
(「LAPACK」は、幸い「LAPACK-3.2.1.tgz」でした。)

このような「・・・.tar.gz」なるファイルを、
ホスト側(Windows)でダウンロードしたりする場合。
(andLinux などの場合はそうかな?)
Web ブラウザが、高名な(?)IE だったら。どうなる?

ご丁寧ね、「・・・.tar.tar」にして頂けます。
良いですね。ダウンロード時に変換してくれる。

いや~、余計なお世話です。
違うものにされちゃいます。

ネイティブな Linux マシン(実機でもVMでも)なら
(少なくとも、Ubuntu なら)、Firefox ですから安心です。

<紙>は、基本は、Windows マシンでも Firefox なのです。

まあ、Linux 系ソフトを扱う人は、IE なんぞに頼らず、
その他の便利なインターネットブラウザをお使いでしょうが、
念のため、(自分でも忘れかけていた(汗;)
ここに、書きとどめておきます。          



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CP2K を FFTW で高速化2

2010-04-19 :  Linux系
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VM- Linux に CP2K を導入しました。
やはり、FFTW での高速化は必須ですね。

そこで、過去記事「CP2K を FFTW で高速化
の手順を整理して、・・・・・

「VM-Linux」に
1.FFTW のインストール
2.CP2K への FFTW の組み込み
を行いました。


1.FFTW のインストール
  ・ http://www.fftw.org/からDownloadを選択し、
   fftw-3.2.2.tar.gz をダウンロードする。
  ・ tar xvzf fftw-3.2.2.tar.gz で展開する。
  ・ cd fftw-3.2.2 で移動する。
  ・ ./configure を実行すると、コンピュータの環境を自動で検索し、
   Makefileが作られる。
  ・ make でMakefileを実行する。
  ・ su でrootの権限を持ち、
   make install でインストールする。

これで、「FFTW」が、正確には「FFTW3」が出来る。


2.CP2K への FFTW の組み込み
  前回のarch fileに少し変更を加える。
 ・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW3」を加える。
    (アンダーバーは2つ!)
 ・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
 ・「LIBS =」に「/usr/local/lib/libfftw3.a -lm」を加える。

操作は、(前回のものは test1 として、今度は、test2 にします)
  cd cp2k/arch
  cp test1.sopt test2.sopt
  vi test2.sopt・・・・・・・・・上記修正:3点追加
  cd ../makefiles
  make ARCH=test2 VERSION=sopt


これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)に FFTW3 版 CP2K が導入できた。

早速、高速化を体感。・・・・・

テストしたデータでは、
わずか、7%のアップ?

FFTW3 を使っているのか?
「GENERATE」行の前にWARNING行は出ていない。
クリックで拡大(別窓)

前回は、確かに出ていた。
クリックで拡大(別窓)


このCPUは、勝手に(?)最高23%もアップしたりするので、
7%では誤差の範囲になってしまう。

データが適したものでないのかも。
まあ、精神衛生上こっち(FFTW3版)で行きましょう。

マシンが高速に(CPU性能で3倍に)なったのだから、
今度こそは、「CP2K」を勉強しよう。
するかな? 出来るかな?         



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VM-Linux:CP2K 導入

2010-04-17 :  Linux系
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新PCは、CPU 性能が従前マシンの3倍ほど速いもの?
CP2K でその実力を試したい!

VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入し、g95 も導入したので、
早速「CP2K」をインストールしてみることにしました。


VM-Linux は、純粋な(?) Ubuntu ですから、
CP2K 導入手順は、andLinux の時と同様ですね。

先ずは、LAPACK インストール

本家 からダウンロード。
現在の最新版は「LAPACK-3.2.1.tgz」ですね。
  1.「tar」で展開する。
    tar xvzf lapack-3.2.1.tgz
  2.サンプルから、「make.inc」を作る。
    cd lapack-3.2.1
    cp make.inc.example make.inc
  3.「make.inc」を、以下のように変更する。
    FORTRAN = g95
    OPTS = -O2
    DRVOPTS = $(OPTS)
    NOOPT =
    LOADER = g95
    LOADOPTS =
  4.「make blaslib」でBlasを生成し、
    その後「make lapacklib」でLapackを生成する。
    make blaslib
    ・・・・・・・約20秒(従前PCの3倍速)
    make lapacklib
    ・・・・・・・約4分15秒(従前PCの1.4倍速?)
  5.これらのファイルを名前を変えてライブラリに格納する。
    sudo cp blas_LINUX.a /usr/local/lib/blas.a
    sudo cp lapack_LINUX.a /usr/local/lib/lapack.a


そして、CP2K インストール

本家 から、
「CP2K」をダウンロード。(cp2k.tar.gz)
  1.「tar」で展開する。
    tar xvzf cp2k.tar.gz
  2.マシンに合ったスクリプトから「test1.sopt」を作る。
    cd cp2k/arch
    cp Linux-i686-g95.sopt test1.sopt
  3.「vi test1.sopt で、LIBSの部分」を、以下のように書き換える。
    LIBS = /usr/local/lib/lapack.a /usr/local/lib/blas.a
  4.今作った「test1.sopt」に沿ってcp2kをコンパイルする。
    cd ../makefiles
    make ARCH=test1 VERSION=sopt
  コンパイルが終わるのを10数分待つ。
    ・・・・・約13分(従前PCの1.5倍速?)
  5.「../exe/test1/」に「cp2k.sopt」というファイルがあればコンパイル成功

ありました!

クリックで拡大(別窓)

これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)にCP2Kが導入できました。

早速、適当(?)に走らせてみました。
CPU性能的には、やはり3倍 速そうです。

上記コンパイルでは、IO が絡むので、その分速く見えない?

総合性能では、1.5 倍くらいと見るべき???     



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VM-XP に andLinux 導入!

2010-04-14 :  Linux系
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VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入しましたが、・・・・・

VMware 仮想マシン上の Windows XP でも、
andLinux がインストール出来るものなのか試してみました。

結論から云うと出来るんですね。
つまり、VMware 仮想マシンは、
本当に「本物のマシン」と思ってもいい?

手順は、昔の記事
coLinux+Ubuntu+X=andLinux
andLinux:g95 インストール
andLinux:初期? 設定
の通りで大丈夫でした。

仮想マシンの Windows XP は、
HDD はデフォルトの 40GB ですが、
メモリは 1GB にしました。

そして、andLinux のインストールでは、
1.インストール先は C:¥andlinux¥
2.メモリ容量は、512MB
3.サウンドは、なし
4.ファイル共有方式は、CoFS
  で、共有ディレクトリは、C:¥to4linux¥

インストール後に行ったのは、
1.「日本語KB」対応
 「sudo loadkeys jp106」
2.「タイムゾーン」の設定
 「sudo dpkg-reconfigure tzdata」
 とすると、選択肢の画面がでるので、
 「Asia」を選んで「OK」すると次の画面が出る。
 「Tokyo」を選んで「OK」すると設定完了。
3.「root」のパスワード設定
 「sudo passwd root」で。
4.インストールしたパッケージのアップデート
 「su」しておいて、
 「apt-get update」
 「apt-get upgrade」

結果の(証拠の?)画面スナップショットは、

クリックで拡大(別窓)


何かの参考になりましたら、幸いです。     



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Linux(Ubuntu)導入

2010-04-12 :  Linux系
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新PC(Windows 7 x64)にも、従前マシン:Linux(Ubuntu) on XP同様に、
Linux(Ubuntu)を導入しました。

手順としては、
Linux(Ubuntu) on XPの時は、古いVM 版であったので、いろいろトラブった。
そこで
Ubuntu 9.10 導入」のように、ゼロからのインストールにしました。

ただし、バージョンは、8.04LTSにしてみました。
LTS って、Long Term Support (長期サポート版)のことでしたね。


Ubuntu Japanese Team」ページの「Ubuntuの入手」にある、
「日本語 Remix CD イメージ」(ubuntu-ja-8.04.2-desktop-i386.iso)
をダウンロードしました。
以前使ったものより新しい、リリース2ですね。
それなりにアップデートされている!

これを、「VMware Player 3」でマウントして、
VM仮想マシンでインストールを実行。

これでも、232個のアップデートがありましたが、
VMwareTools のインストールも含め、
作業開始から終了まで50分程度で完了しました。


クリックで拡大(別窓)


と云うことで、Linux(Ubuntu 8.04.2)も導入できました。     



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PerlMol 導入

2010-02-24 :  Linux系
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PerlMol」を知ってから、4ヶ月近くも経過している。

「Download & Installation」にある、
PPM package for Windows ActivePerl 5.8 」を
読んでもイマイチどうして良いか分からない(汗;


それで、「Manual install of the PerlMol bundle 」のやり方で、
Ubuntu 9.10」に導入してみた。


  1.Get the latest version of the PerlMol bundle.
    ・ SourceForge.net

  2.Untar it in a temporary directory and change to that directory:
    ・ tar xvzf PerlMol-0.3500.tar.gz
    ・ cd PerlMol-0.3500

  3.Build and install the modules:
    ・ perl Makefile.PL
    ・ make
    ・ make test
    ・ make install

と云う手順ですね。


この通りなら、
<紙>にも出来ました。



そして、
「Quick Tutorial」の「Chemistry::Mol」にあるコードを切り貼りして、
「mol.pl」を作り、
Perlを動かしてみました。
実行出来ました。




これで、「PerlMol」の導入はできたようですね。
でも、使えるとは云えませんね。

と云うことで、今日の 部活動(化学?) は終了です。
これは、「Linux系」に分類しました。       



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『Linux100%』って?

2010-01-12 :  Linux系
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「Linux100% Vol.9」なる“ムック”を目にしました。

“ムック”と云うのは何?
フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』には、
  ムック - 雑誌と書籍の性格を併せ持つ出版物。
とあります。

「Linux100%」は、月刊雑誌では無いようです。
このムックは、どうも「Linux」と云っても「Ubuntu」について書いているようです。

面白そうなのですが、定価1380円といささか高い(?)
なので、ネットで検索してみました。

Linux100% Vol.9」ですね。

他の号では、「特設サイト」がありました。


Vol.9 で気になったものに、
「Sylpheed」・・・・・メーラ(いろいろ)
「Gmount-iso」・・・・・isoイメージ管理ツール(DAEMON Tools 他)
「Leafpad」・・・・・テキストエディタ(MIFES)
「Shutter」・・・・・画面キャプチャツール(QperCopy)
「ImageMagick」・・・・・mogrify コマンドで画像加工(PictBear?)
がありました。(括弧内は、<紙>Windows の場合)

以上5つのツールについて、
少し検索して、纏めてみました。
Sylpheed オンラインマニュアル
パッケージ: gmountiso (0.4-0ubuntu3)
文字コードを意識せずにテキストを表示・編集するには - Leafpad
Shutter - The Best Screen Capture Software For Linux
ImageMagick: Convert, Edit, and Compose Images -

これで、「Ubuntu 9.10」で、遊べ(?)そうです。


あと、このムックでは、仮想PC作成ツールとして「VirtualBox」を使っているが、
<紙>的には「VMware Player 3.0」ですネ。


さらに、「Nautilus」・・・・・名前だけは知っていたが???
  Nautilus(ノーチラス)はGNOMEデスクトップの標準GUIファイルマネージャ。
だったんですね。きちんと勉強しました???

そうそう「Ubuntu」のデスクトップは「KDE」じゃなくて、「GNOME」でしたですね。
「Ubuntu」のデスクトップ環境を「KDE」に置き換えたのが「Kubuntu」?       



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Linux で BASIC : いいネ

2010-01-10 :  Linux系
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Linux 用 BASIC (コンパイラ)言語はないものか?・・・・・

ありました。「FreeBASIC」ですね。
これは、頂きましょう!?!

downloads」のページ

から、「Linux」用、「Windows」用、両方ダウンロードしました。


ふと、思い出しました。
以前にダウンロードしていなかったっけ?

使ったような気がする?
マイブログを検索してみました。

右上にある検索窓を使って、「このブログ内で」で検索。



見つかりました。
2008年07月03日 付「PIC(13)GCBC」で書いていましたね。



フリーの「Great Cow BASIC」も面白いと思って使ってみたが、
いろいろバグがあった。

「Great Cow BASIC」コンパイラは、実は、
Windows版「FreeBASIC」コンパイラで開発されていた。

そこで、「FreeBASIC」コンパイラを使って、
「Great Cow BASIC」コンパイラのバグを直した。



当時は、「FreeBASIC-v0.18.3b-win32.exe」とVer0.18.3b でした。

今回ダウンロードしたのは、「FreeBASIC-v0.20.0b-win32.exe」です。

2年近くが過ぎている。
もう一度、「FreeBASIC」の言語仕様を勉強しよう。

そして、Linux(Ubuntu)で使えるように!

と云うことで、頑張ります。      



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Windows + Linux

2010-01-03 :  Linux系
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Windows といっても<紙>の頭では、Windows XP です。
Linux といっても、<紙>の頭では、Ubuntu です。


それで、<紙>のように、日常的には Windows を使っていて、
Linux も使いたい(今後使っていきたい)時、どうする?

<紙>の経験(?)からまとめてみました。


先ずは、
(0)OSが異なる2台のマシンを用意する。
これは、同時に使えることもあるが、対象外ですね。


(1)1台のマシンで、HDDを「リムーバブルラック」に入れ、
それぞれのHDDに各OSを入れる。
ラックを取り替えてから、電源を入れると各OSが立ち上がる。
なお、HDDをスイッチで切り替えるようにするものもある。
<紙>は使っていませんが。
これでは、同時に使うことは出来ない。(0)とほぼ一緒で、OS毎 別世界。


(2)1台のマシン、1台のHDDを、区画で切って、
それぞれに別のOSを入れる。
電源投入 立ち上げ時にOSセレクタで切り替える。
<紙>マシンは、殆どが MBM でマルチブータブルです。
(ちょっと違うが、Windows 2つの場合)
これでも、同時に使うことは出来ない。


(3)Sygwin を使う(Windows マシンの場合)
以前使い始めましたが、止めました
このケースでは、
「exe」は Windows 仕様で、ユーザインタフェースが Linux 仕様ですね。
これ以下の方式なら、同時に使うことが出来る。


(4)CoLinux で Ubuntu を使う(Windows マシンの場合)
XP で Ubuntu : coLinux」ですが、<紙>は導入失敗でした。
これならば、次の「andLinux」が楽?


(5)andLinux を使う(Windows マシンの場合)
coLinux+Ubuntu+X=andLinux」ですね。
(逆に、Linux マシンで Windows を使う場合は、Wine を使う?)
このケースでは、
実行プログラムもユーザインタフェースも全てが、Linux 仕様ですね。
Cシェルも導入しました。
でも、今では、次のケース(6)に移っています。


(6)VMware を使うと、実機のOSが Windows でも Linux でも、
どちらであっても、もう一方のOSが同時に使えるようになる。
(他の仮想化ソフトとしては、VirtualBox があります。 Virtual PC はダメ。)

<紙>の場合は、「VMware Player V3 導入」以来、いろいろやっています。
このケースでは、マシンは仮想であっても、OSはそれぞれの本物です。
そして、両OSを同時に使用することが出来るし、
ファイルの受け渡しも、D&D(ドラッグ&ドロップ)でOKです。
(ホスト、ゲスト 間の時刻同期も制御出来る!)

いまでは、「My メインPC」は、
マシン:実機HW(Pentium 4HT 3.2GHz)
  OS:XP(ネイティブ)・・・・・・・・・・・常用
    マシン:VMware Player 3・・・・・・・・常用
      OS:XP・・・・・・・・・・・・・・使える(常用?)
      OS:W7・・・・・・・・・・・・・・使える(テスト用)
      OS:Ubuntu 8.04・・・・・・・・・・・使える(使う?)
      OS:Ubuntu 9.10・・・・・・・・・・・使う。
  OS:W7(ネイティブ)・・・・・・・・・・・テスト用
    マシン:VMware Player 3・・・・・・・・使える(テスト用)
      OS:XP・・・・・・・・・・・使える
と云った状態になっています。


VMware(Workstation/Player)を使うと、
実機のOSが何であっても、任意のマシン(OS)を複数同時に実行できる。
(尤も、搭載メモリ量での制約は受けますが。)
ネットワークは勿論のこと、サウンドも使え、画面解像度も切り替えが簡単。
さらに、USB機器やプリンタも使用できるし、CD/DVDへの書き込みもOK。

実機1台(なるべく速いCPUに大容量のHDDと大量のメモリが欲しい)に、
フリーのLinux を入れ、フリーの仮想化ソフトを入れて、
仮想PCを何台も作り、そこに、OSをインストールする!

と云うことで、いろいろ実験等々ができます。
勿論、実使用でも問題は無い(?)ですね          



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Zeobuilder 再々挑戦

2009-12-29 :  Linux系
ご訪問ありがとうございます。


しつこく、Zeobuilder 導入の話しです。

Zeobuilder 導入:再挑戦」は、Ubuntu 8.04 に、
「Ubuntu 8.04 LTS (hardy heron):InstallationGuide/UbuntuHardy」
の手順でやってOKでした。

Ubuntu 9.10 もあるので、こっちに入れてみて、OKなら、8.04 は要らない?

andLinux への導入で失敗しているので、
先ずは別の Ubuntu 9.10 で試してみました。

Zeobuilder」の“Installation”にある「Zeobuilder/Installation Guide」には、
「Unubtu Linux 8.10 : InstallationGuide/UbuntuIntrepid」が一番新しい。

これで、やってみました。--- 出来るかな???

手順としては、
Zeobuilder 導入:再挑戦」の場合と見た目の違いはありません。

「wget」を1+2=3回と「apt-get」を1+1=2回実行しました。
大した時間は掛かりませんでした。


で、結果は???

andLinux の場合と同じ結果!!! つまり、失敗でした。


知らない事をやるのなら、バージョンなんかもきちんと合わせないと、
正しく行っている事にはなりませんね。

Ubuntu 9.10 上で Zeobuilder を動かせるかは、来年に持ち越しダ。

まだまだ Linux の修行が足りない!      



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Ubuntu 9.10 導入

2009-12-15 :  Linux系
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先に導入した Ubuntu 8.04 は、
古い「VMware」で作られていたものであり、Ubuntu のバージョンも古い?

今使っている「VMware」は、VMware Player 3.0 であり、
Ubuntu の最新版は 9.10 ですね。

そこで、Ubuntu 9.10 を新規にインストールしてみました。

Ubuntu Japanese Team」ページの「Ubuntuの入手」にある、
「日本語 Remix CD イメージ」(ubuntu-ja-9.10-desktop-i386.iso)
をダウンロードして、
それを、「DAEMON Tools」でマウントしておいて、
「VMware Player 3」で“新規仮想マシンの作成”で
Ubuntu のインストールCDからインストールを実行。
(振り返ってみれば、「DAEMON Tools」は要らなかった。)
(直接 .iso ファイルを「VMware Player 3」でマウント出来たんだ。)


6画面ほどのウイザード、ログインID/パスワードを除いて全て「Enter」キーのみ。
インストール完了まで約20分。


リブートしたところで、アップデートが140件で、約10分。


その後、「VMware Tools」のインストールが約10分。


 「VMware Tools」のCDが自動でマウントされるので、
 インストーラを「tar」で展開して、出てきた「perl」スクリプトを実行。
 問い合わせに、「Enter」キーを、6+3+2+1+3=15回。
 (+のところで、暫く待つ。)

以上、1時間もしないで、完成!!!




前回の、VMware用(仮想ディスク)を使ったのは何だったのか???
こっちの方が断然速かった。
急がば回れ???      


これで、「My メインPC」は、

マシン:実機HW(Pentium 4HT 3.2GHz)
  OS:XP(ネイティブ)・・・・・・・・・・・常用
    マシン:Virtual PC 2004・・・・・・・・いらない?
      OS:XP・・・・・・・・・・・・・・テスト用?
    マシン:VMware Player 3・・・・・・・・常用
      OS:XP・・・・・・・・・・・・・・使える(常用?)
      OS:W7・・・・・・・・・・・・・・使える(テスト用?)
      OS:Ubuntu 8.04・・・・・・・・・・・使える(使う?)
      OS:Ubuntu 9.10(今回作成)・・・・・・・・・・・使う。
  OS:W7(ネイティブ)・・・・・・・・・・・テスト用
    マシン:VMware Player 3・・・・・・・・使える(テスト用)
      OS:XP・・・・・・・・・・・使える?

と云った状態になりました。     



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Zeobuilder 導入:再挑戦

2009-12-08 :  Linux系
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9月には、andLinux への導入に失敗した Zeobuilder ですが、
完全な(?) Ubuntu(Linux)があるので、
再度導入に挑戦してみました。

あの時は、良く分からずに、
「Ubuntu 7.10(gutsy gibbon) : InstallationGuide/UbuntuGutsy」に従いました。

今度は、Ubuntu 8.04 なので、
「Ubuntu 8.04 LTS (hardy heron):InstallationGuide/UbuntuHardy
の手順でやってみます。


これに従って、
「wget」を1+2=3回と「apt-get」を1+1=2回実行しました。
大した時間は掛かりませんでした。数分だったかな?


見事に成功しました。

「アプリケーション」->「アクセサリ」->「端末」を起動。


「端末」で「zeobuilder」と入力。


GUIで、「Zeobuilder」が起動!



Zeobuilder/Tutorial/GettingStarted」からダウンロードしておいた、
「example.zml」(= a model of a single Water molecule)
(何のことは無い、1つの水分子です。)
を読み込んでみました。




目 出 度 し メ デ タ シ ? ? ?


各種単位のデフォルトは、「原子単位(au)」ですね。
原子間距離の表示単位では、
「原子単位」、「オングストローム」、「ナノメートル」から
選ぶようになっています!


すこし動かしてみよう。っと、これは「理科部 部活」ですか。      



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Linux(Ubuntu) on XP

2009-12-06 :  Linux系
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折角 VMware Player V3 を導入したので、Windows ばかりじゃつまらない、
Linux(Ubuntu)マシンを作ってみることにしました。

と云っても、ゼロからインストールするのでは無くて、
「VMware」用に作られた仮想マシンを導入することにしました。


Ubuntu Japanese Team」ページの「Ubuntuの入手」にある、
「日本語 Remix VMware用仮想マシン」を使わせてもらいました。




ダウンロードして、しかるべきフォルダに展開し、
VMware Player で「既存の仮想マシンを開く」。


大変でした!!!!!
1.Ubuntu 側では、「パッケージのアップデート」が400件!
2.VMware 側では、「VMware Tools」が古い!

これを同時に行った(馬鹿だった)為に、
“すったもんだ”して、2時間近くも掛かった。

挙げ句の果てに、
3.「ネットワークに接続できなくなった」
説明書きにある通り、「ネットワークインターフェースの再設定を行う」。

このダウンロードしたものは、
仮想マシンのバージョンが「Workstation 5.x」と古いものなのですね。

最初から、「日本語 Remix CD イメージ」を使えば速かったかも?

それでも、何とかカントかできました。




これで、「My メインPC」は、

マシン:実機HW(Pentium 4HT 3.2GHz)
  OS:XP(ネイティブ)・・・・・・・・常用
    マシン:Virtual PC 2004
      OS:XP・・・・・・・・・・・テスト用
    マシン:VMware Player 3
      OS:XP・・・・・・・・・・・使える。
      OS:W7・・・・・・・・・・・使える?
      OS:Ubuntu(今回作成)・・・・・・・・・・・使える?
  OS:W7(ネイティブ)・・・・・・・・テスト用

と云った状態になりました。

これからどうする ? ? ?         



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csh(Cシェル)を導入

2009-10-29 :  Linux系
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andLinux に、slice シリーズをインストールして、
「slicePVR」コマンドで、プログラムが起動することを確認しました。

そこで、「File Manager」で覗いてみると、
/usr/local/bin
には、「sliceなんたら」と云うexecutableがいっぱいある。
しかし、一部「C shell script」がある。
( それらのファイルの先頭行は、当然ながら、
  「#!/bin/csh」
  ですね。 )




ところが、なんと、
「andLinux」では、シェルは「bash」であって、
(こっちの方が機能はある のかなナ?)
「csh」(Cシェル)は入っていない!!!
(機能が無いから?要らない?)

でも、それでは、「slice シリーズ」を簡単に使えない?

調べてみると、
「bash」と「csh」では、文法が大違いのようですね。
簡単に移行(ちょこちょこと手で直すこと)は出来ない?

しようがないので、「csh」を導入することにしました。

でも簡単にできるのですね。

andLinuxの初期設定をした時に見つけた、
「Synaptic」を使うと、“ちょちょいのちょい”です???



必要なPackageに対する、
左端のチェックボックス(赤○の列)をonにして(クリックして)、
上にある青○部分の「Apply」ボタンを押すと、
・・・・・程なく・・・・・
緑○部分の様にインストールされる。

これで、「csh」の導入は お し ま い 。
簡単でした。(嬉しい。私にも出来ました。)


これからは、「bash」でも「csh」でも、
「shell script」が実行出来るようになりました。

目出度しメデタシ

それからどうするの?????
ま、今日のところは、ここまでです。     



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slice って?

2009-10-25 :  Linux系
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Softwares for basic 3-D analysis」なるサイトを知りました。

  These softwares (slice series) have been made for
  basic 3-D analysis of micro-tomography data.
すなわち、(「Nicely Translate」の助けを借りて)
  これらのソフトウェア(slice シリーズ)は、
  マイクロトモグラフィデータの基本的な3D解析用である。
と云うことですが、・・・・・

「トモグラフィ」ってなに?
日経 ものづくり用語、「トモグラフィ」では、
  対象物の内部の物理量などを導き出して断層画像を得る方法のこと。
だそうで、
  計算にはコンピュータを使うため,CT(computed tomography)と呼ばれる
  ことが多く,超音波CT,X線CTなどが実用化されている。
と云うことですか。

で、
  「slice シリーズ」は、X線CT画像を処理する、
  コマンドラインから実行するプログラム群で、
  X線CT画像から3次元立体図の作成、データ解析、加工がなどができる。
と「Users manual (Japanease)」(slice_um_080418.pdf)にはありました。




さて、
  Required Environment(動作環境?)
として挙げられているのは、
  ・Unix(Linux, BSD, Windows+cygwin, MacOSX, etc.) environment
  ・Memory (1GB-, as large as possible)
  ・200-300GB free space of HDD (at least a few times of the 3D data size)
ですね。

第1の条件は、当然andLinuxですね。
第2の条件は、3GBあるから良いかな?
第3の条件は、エェッ どうしよう。全部で5GB(空:約4GB)しか無いけど???

ま、いいっか。やってみよう。

と云うことで、
まず、5GBにした時と同様の手順で、15GBに拡張しました。



あれから、いろいろ入れているので、「Used」もそれなりに増えている。
フリー領域は約12GBですね。


それから、「Install manual (Japanease)」(slice_im_061219.pdf)
に従って、インストールしました。

ただ、pdfのマニュアルは「Windows+cygwin」か「MacOSX」前提なので、
<紙>の手順は、CP2Kや、その前のLAPACK同様です。


先ず、Windows での作業
 step1:本体「slice071126.tar.gz」をダウンロード
 step2:andLinux 共有ディレクトリに格納

本番、andLinuxでの作業
 step1:しかるべき処「/home/kami」に本体を cp
 step2:そこで、「tar xvzf slice071126.tar.gz」と解凍
 step3:「cd slice」と1つ下りて

ここからが大変だった。
 step4: “make”する、・・・・

一通り読んで、それから実行すれば、「make installall」一発だったのかな
しかし、「make all」や「make install」とやったもので、
リカバリに手間取りました。

何はともあれ、「Tiff ライブラリ」が必要であると云うこと。
此がないと、本体がコンパイルエラーとなる。
この状態で「install」すると大変ダ!

どうにかこうにか/やっとこさっとこ
「/usr/local/bin」や「/usr/local/lib」に格納できた。

で、確認
 step5:「slicePVR」と打ち込むと「使用方法が表示される」
   そうでなくて、「・・・見つからない」とでたら、云々カンヌン
   「set path」をやりなさい。

しかし、<紙>の環境では(?)何故か「set path」が働かない???
そこで、シンボリックリンクを張りました
「ln -s /lib/libtiff.so.3 /usr/local/lib/libtiff.so.3」

これで、「step5」確認が終わりました。




目出度しメデタシ?

で、何に使うの?????
ま、今日のところは、ここまでです。     



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Zeobuilder 導入 失敗

2009-09-19 :  Linux系
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「andLinux」に落ち着いた、そもそものきっかけとなった「XP で Ubuntu : coLinux
それは、「Zeobuilder」を導入・試用して見たかったからでした。

Zeobuilder」には、
  Zeobuilder is a user-friendly GUI toolkit for the
  construction of advanced molecular models.
  It shows some new features which are not available
  in other comparable GUI packages:
   Zeobuilder is free software.
   Zeobuilder is extensible.
   Zeobuilder already contains several advanced tools to build,
   align, manipulate and analyze molecular structures.
   Zeobuilder describes a molecular model with a
   hierarchical data-structure of reference frames.
とあります。

そして、「Software dependencies」の「Required dependencies」には、
  In order to run Zeobuilder,
  some software must be installed that Zeobuilder will use.
  ・ Python: At least version 2.4
  ・ GTK: At least version 2.8
  ・ PyGTK: At least version 2.8
  ・ Any OpenGL implementation, on most systems this is already installed by default.
  ・ PyOpenGL: At least version 2.0
  ・ GTKGLExt and PyGTKGLExt: At least version 1.1.0
  ・ Numpy: At least version 1.0.3
  ・ librsvg2: At least version 2.0
  ・ libglade2: At least version 2.0 and the python interface to this library,
   which is an optional part of PyGTK,
   but most linux distributions provide it as a separate package.
とある!


Zeobuilder」の“Installation”にある「Zeobuilder/Installation Guide」の
“Installation instructions”にある「Unubtu Linux 7.10 (gutsy gibbon):
Zeobuilder/InstallationGuide/UbuntuGutsy
には、
 The installation consists only of running a few basic apt commands as the root user.
インストール作業は、ルート権限で、2・3の基本的aptコマンドを実行するだけ。
 The downloads are performed automatically.
ダウンロードは、自動的になされる。
 ・Configure the apt repository with the ubuntu packages distributed at the CMM:
   wget http://molmod.ugent.be/code/static/download/ubuntu/gutsy.list -O /etc
   /apt/sources.list.d/molmod.list
 ・Install the public part of my digital signature that is used to verify the
  packages that will be downloaded automatically:
   wget -q http://molmod.ugent.be/code/static/download/Toon_Verstraelen.asc -O- |
    apt-key add -
   wget -q http://molmod.ugent.be/code/static/download/Toon_Verstraelen_old.asc -O- |
    apt-key add -
 ・Update your local copy of the code repository index:
   apt-get update
 ・Install zeobuider:
   apt-get install python-zeobuilder
 The last command automatically downloads all software dependencies and installs
 all the necessary packages. Your installation of Zeobuilder is now complete.
 Start Zeobuilder as a normal user with the following command:
  zeobuilder
とあるので、
これに従って、“Zeobuilder”を andLinux にインストールしました。

すべてが、正常に進んだかに見えたのだが、・・・・・
“Zeobuilder”の起動時に、エラーが出て実行できません???




最初の4行「xlib: ・・・ missing on display ・・・」は、「Mozilla」でも出ている(ので無視)。

最後の「TypeError: ・・・ takes no parameters」でアボートです。

素人には手に負えないので、放置ですね???

残念。  お粗末でした。      



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CP2K を FFTW で高速化

2009-09-08 :  Linux系
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CP2K をインストールした時に参考にさせて貰った「CP2Kのインストール」は、
「1.g95でもっとも簡単なインストール」でした。
その下に、「2.FFTW3で高速化を図る」と云うのがありますね。

「FFTW」って 何?

本家「FFTW」では、
  FFTW is a C subroutine library for computing the discrete
  Fourier transform (DFT) in one or more dimensions, of arbitrary input size,
  and of both real and complex data (as well as of even/odd data, i.e.
  the discrete cosine/sine transforms or DCT/DST).
  We believe that FFTW, which is free software,
  should become the FFT library of choice for most applications.
Nicetranslator で翻訳すると、
  FFTWを離散フーリエ変換(DFT)を1つまたは複数のディメンションでは、
  任意の入力サイズの変換を計算するためのCのサブルーチンライブラリであり、
  両方の現実と、複雑なデータ(のと同様、偶数/奇数のデータは、
  離散コサイン変換すなわち/正弦変換やDCT / DST)の。
  私たちは、FFTWを、フリーソフトウェアの場合、ほとんどのアプリケーションに
  最適なFFTライブラリにならなければならないと思います。
ちょっと、酷いかナ。

FFTWは、離散フーリエ変換(DFT)計算のためのCのサブルーチンライブラリであり、
1つまたは複数の次元の、任意の入力サイズの、実数でも複素数でも(さらには、
偶数/奇数の、すなわち、離散コサイン/サイン変換、即ちDCT/DST)計算ができる。
FFTWは、フリーソフトウェアであり、ほとんどのアプリケーションに
最適なFFTライブラリであると信じている。

と云ったところでしょうか?


本家「CP2K」のサイトの「cp2k/INSTALL」には、
 1) Acquire the code.
 2a) gnu make should be on your system (gmake or make on linux).
 2b) an f95 compiler should be installed on your system.
 2c) BLAS and LAPACK should be installed.
 2d) MPI and SCALAPACK are needed for parallel runs.
 2e) fftw can be used to improve FFT speed (depending on architecture).
 2f) Hartree-Fock exchange (optional) requires the libint package to be installed,
  and a Fortran compiler that supports ISO_C_BINDING and Fortran procedure pointers.
 3) to compile the code.
 ・・・・・
とあります。

1)~2c) は済んでいます。
2d) は、パラレルコンピューティングなので、パスですネ。
そして、2f) はチンプンカンプン(汗)でパス。
3) は当然。
残るは、2e) ですね。
 FFTの速度を改善するために、(アーキテクチャに応じた)fftwを使用することができます。
ですね。


それで、「2.FFTW3で高速化を図る」に倣って、
「andLinux」に
1.FFTWのインストール
2.CP2KへのFFTWの組み込み
を行いました。

書いてある通りにやって、一苦労も二苦労もしました。(いや、三苦労も四苦労もです。)

1.FFTWをインストールする。
  ・ http://www.fftw.org/からDownloadを選択し、fftw-3.2.1.tar.gzをダウンロードする。
  ・ tar xvzf fftw-3.2.1.tar.gzで展開する。
  ・ cd fftw-3.2.1で移動する。
  ・ ./configureを実行すると、コンピュータの環境を自動で検索し、Makefileが作られる。
  ・ 151行目、152行目を以下のように変える。
   F77 = g95
   FFLAGS = -O3 -ffast-math -funroll-loops -march=nocona -ftree-vectorize
  ・ makeでMakefileを実行する。
  ・ suでrootの権限を持ち、make installでインストールする。
とある。
・ダウンロード、・tar展開、・cd移動、・./configure実行はその通り。
(但し、現在は、Ver.3.2.2 になっている。)

次のエディットでは、
先ず、151行目はそうなっていて、変える必要が無い!
そして、152行目は「-march=nocona」の「nocona」が気になったので、
結局、出来た「Makefile」は何も変えなかった。

それで、makeして、suで、make installを実行。

これで、「FFTW」が、正確には「FFTW3」が出来たようです。
(と云うのは、どうなれば正しいのかが、今ひとつ不明???)

問題は、「2.CP2KへのFFTWの組み込み」で、8回も「make」をやり直しました。
(もっと慎重に推理すれば、2~3回で済んだでしょう?)

前回のarch fileに少し加えるだけでうまくいく
 ・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW」を加える。
 ・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
 ・「LIBS =」に「-lfftw -lm」を加える。

ここで、(「LDFLAGS =」への追加は間違っていない。)

(1)最初の「-D__FFTW」を「-D_FFTW」だと思った為、5回ほどやり直した。
 ・・・・・ これは、<紙>のミスですネ。(アンダーバーは2つ!)
   ただし、なかなか気がつかなかったのは、
   「g95」では、パラメータ・エラーにならない為もあった。
  さらに、本当は、(正解は)「-D__FFTW3」でした。
  (FFTW2 か FFTW3 を指定する、とCP2K本家には書いてあった!)

(2)「-lfftw」のパラメータは「g95」ではエラーです。
  正解は「/usr/local/lib/libfftw3.a」でした。
 ・・・・・ 「fftw.a」ではなくて「libfftw3.a」でした。
   これで、3回ほどやり直しました。

1回のmakeが20分も掛かるマシンで!!!!!
実行確認を含めると5時間以上も掛けました(泣)

結局
 ・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW3」を加える。
 ・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
 ・「LIBS =」に「/usr/local/lib/libfftw3.a -lm」を加える。
が正解です。

コンパイル&リンク:


結果(実行形式プログラム):



こんなに苦労して“どんだけ”速くなったの?

処理時間で6~7割に、速度で1.5~1.4倍でしょうか。
19分が16分に。また、3時間が2時間10分に成りました。
(でも、やはり何を計算しているか今一つ???)

とりあえず、めでたし、めでたし???     



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andLinux:CP2K インストール

2009-08-09 :  Linux系
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“とある”ソフト:CP2K」では、Cygwin で「CP2K」をインストールしました。

LAPACK インストール」に続き、andLinux で「CP2K」をインストールしました。

LAPACK 同様、「CP2Kのインストール」を参考にさせて貰いました。
但し、「3. CP2Kをインストールする。」には、明らかな間違いがあります。
最初の、
 「http://www.netlib.org/lapack/から、下の方にあるlapack.tgzをインストールする。」
は、
  http://cp2k.berlios.de/index.html の、下の方にある、
  Links
   ・ Download and Install CP2K から、cp2k.tar.gz をダウンロードする。
ですね。


LAPACK」同様、ホスト側で「E:¥CoFS¥」に、「cp2k.tar.gz」を格納しておく。

andLinux「Terminal」を立ち上げて、インストールする。
(立上時は、/home/kami になっており、そこに /windows ディレクトリがある)

1.「tar」で展開する。
  cp windows/cp2k.tar.gz cp2k.tar.gz
  tar xvzf cp2k.tar.gz

2.「test1.sopt」を作る。
  cd cp2k/arch
  cp Linux-i686-g95.sopt test1.sopt

3.「vi test1.sopt で、LIBSの部分」を、以下のように書き換える。
  ライブラリ名は変えてそのように書き換え。
  LIBS = /usr/local/lib/lapack.a /usr/local/lib/blas.a

4.今作った「test1.sopt」に沿ってcp2kをコンパイルする。
  cd ../makefiles
  make ARCH=test1 VERSION=sopt

  コンパイルするのを10数分待つ。
  ・・・・・<紙>マシンでは約20分でした。
       (Cygwin では、1時間以上掛かった!!!)

5.「../exe/test1/cp2k.sopt」というファイルがあればコンパイル成功。
  ありました。コンパイル成功です。


以降は、「Cygwin」のときと同じことですが、・・・・・

「cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にある、
一番最初の「Ac.inp」と、「Zn.inp」で、テスト実行してみました。

出来た「cp2k.sopt」を「cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にコピーして、
カレントディレクトリをそこに( cd )して、
「./cp2k.sopt Ac.inp > Ac.out」
「./cp2k.sopt Zn.inp > Zn.out」
で実行。

なんか結果が出ていました?????

Cygwinでの結果と比較すると、スピードアップしているようです。
(コンパイル時間でも分かる?)


これで、「Cygwin」はもう完全に用無しになりました。

これまで「Cygwin」で行ったものは、全て「andLinux」に移行できました。
「andLinux」は速い。(「Cygwin」は遅い!)

と云うことで、バンザイ! バンザイ!   



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LAPACK インストール

2009-07-28 :  Linux系
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andLinuxが本格的に使えるようになったので、
Cygwinでインストールした LAPACK をインストールしてみました。

CP2Kのインストール」にある、
「Lapackをインストールし、lapack**.a、blas**.aを作る。」
という手順そのままで出来ました。


ホスト側で、「E:¥CoFS¥」に、
本体の「lapack-3.1.1.tgz」と、テスト用プログラム「sample.f」を格納しておく。

andLinux「Terminal」を立ち上げて、インストールする。
(立上時は、/home/kami になっており、そこに /windows ディレクトリがある)

1.「tar」で展開する。
  cp /windows/lapack-3.1.1.tgz lapack-3.1.1.tgz
  tar xvzf lapack-3.1.1.tgz

2.「make.inc」を作る。
  cd lapack-3.1.1
  cp make.inc.example make.inc

3.「make.inc」を、以下のように変更する。
  その通り変更。
  FORTRAN = g95
  OPTS = -O2
  DRVOPTS = $(OPTS)
  NOOPT =
  LOADER = g95
  LOADOPTS =

4.「make blaslib」でBlasを生成し、
  その後「make lapacklib」でLapackを生成する。
  その通り実行。
  make blaslib
  ・・・・・・・約1分間
  make lapacklib
  ・・・・・・・約6分間

5.「su」で、これらのファイルを格納する。
  su
  cp blas_LINUX.a /usr/local/lib/blas.a
  cp lapack_LINUX.a /usr/local/lib/lapack.a


以上ですネ。
それで、実行確認のテストを実施しました。




OKですネ。

と云うことで、何かの参考になりましたでしょうか?   



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“とある”ソフト:CP2K

2009-07-20 :  Linux系
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Windows で FORTRAN」から始まった、“とある”ソフト、とは「CP2K」のことでした。
  CP2K is a freely available (GPL) program, written in Fortran 95, to perform atomistic
  and molecular simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems.
  It provides a general framework for different methods such as e.g.
  density functional theory (DFT) using a mixed Gaussian and plane waves approach (GPW),
  and classical pair and many-body potentials.
とあります。

使えるかどうかは分かりませんが、DFT(密度汎関数)に惹かれて・・・・・
インストールをしようとしたのです。

CP2Kのインストール」にある、
「g95で最も簡単なインストール」の3ステップを参考にさせて頂きました。

何はともあれ、日本語ユーザ名を解消し、Cygwinをインストールしました。

そして、当該ページのstep1:「g95」をインストールしました。
次に、step2:「LAPACK」をインストールし、2つの「.a」ができました。

最後に、目的の「CP2K」のインストール:step3です。

ダウンロードした「cp2k.tar.gz」を「/cygwin/cp2k/」に解凍し、
「Makefile」のインクルードファイル「test1.sopt」を作り、
「make ARCH=test1 VERSION=sopt」でmake(全コンパイル&リンク)。
700本ほどのソースをプリプロセスしてコンパイル・・・・・
1時間以上掛かりました。(当該ページでは、10数分だって!
こんなマシンではDFTの実行はムリかも?)

「/cygwin/cp2k/obj/test1/sopt/」には、2148ヶのファイル、102MBが出来、
「/cygwin/cp2k/exe/test1/」には、実行ファイル「cp2k.sopt」がありました。

「/cygwin/cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にある、
一番最初の「Ac.inp」(って、なに?)と「Zn.inp」(此は亜鉛ですね)
で、テスト実行してみました。

「cp2k.sopt」を「/cygwin/cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にコピーして、
「./cp2k.sopt Ac.inp >Ac.out」でいい?

なんか結果が出ていました。
・・・・・何をやっているか分からなくて、どうするつもり(でしょうかね)

ちなみに、Ac って、89番目の原子:アクチニウムだって。

なんだかナ。ちょっとムリがあるね。でも、
一応CygwinでCP2Kがインストール出来たようです。
お粗末でした。    



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andLinux:Mozilla が使える!

2009-07-16 :  Linux系
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「当たり前」なんだろうけど、andLinuxをインストールしただけで、
Mozilla が使えるようになっていたんですね。

Windows なら IEがインストールされるように、Linux には Mozilla ですね。

XPで Firefox を立ち上げた後で、andLinux「Terminal」を立ち上げ、
Mozilla コマンドを打ち込むと、Mozilla が別窓ででました。



こうなると、日本語表示が欲しくなる???

初期 設定」の時にはパスしちゃいましたが・・・・・

どうしようかナ・・・・・

日常的に andLinux を使うようになるようだったら考えよう。

----------------------------

と、此処まで纏めた状態で、置いていました。

ところが、昨日、
別のマシンに「andLinux」をゼロからインストールし、一通り設定をして、
「Terminal」から「mozilla」と打ち込んでみると「ナイヨ」と出ました。ン?
「Synaptic」で見ても、インストールされていない???

戻って、<紙>マシンでは、・・・・・と調べてみた。
「Synaptic」で見ても、やはり、インストールされていない???

でも、「Terminal」で「which mozilla」とすると、「/usr/bin/mozilla」と出る???

よく見ると、これは「リンク」ですね。
その先は、・・・「/etc/alternatives/mozilla」

これもリンクです。で、その先は、・・・「/usr/bin/firefox」!

「Synaptic」で見ると、「firefox」は、インストールされている!!!

どうなっているのか? 今ひとつ不明です。
(諸般の事情により、昨日の別マシンは、来週水曜日まで使えないので・・・)

それで、「この記事」で確認したところ、「firefox」は入っているようですね。

とすると、リンクが設定されていない?
「mozilla」じゃなくて「firefox」とすれば起動したのかナ?  



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andLinux:ディスク容量拡大

2009-07-14 :  Linux系
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「andLinux」で検索していたら、
andLinuxのインストールと日本語化」を見つけました。
ここに、「仮想ディスクの容量変更」が載っていました。

先ずは、「df」コマンドで見てみると、



「/dev/codb0」は、2GBの内 850MB使っている。

せめて、5GBにしておこう。

(<紙>の場合は) E:¥andLinux¥ にある「ImageResizeTool.zip」を解凍して、
実行するのは、¥toporesize-0.7.1¥フォルダにある、「resize2fs.exe」ですね。

DOS窓で、「E:¥andLinux¥Drives」(こっちでないとダメ?)に移って、
  E:¥andLinux¥toporesize-0.7.1¥resize2fs.exe -p -f base.dri 5G
とすれば、いいのかな。
当該ページでは「base.drv」となっているが、<紙>の場合は「base.dri」です!



あ、windows のサービスとして、自動起動にしておいたので、
先に、「スタート」->「プログラム」->
  「andLinux」->「stop andLinux」で停止処理が必要でした。

DOS窓を終了して、「andLinux」->「start andLinux」で起動してから、
「Terminal」を起動し、「df」コマンドで見てみると、
「/dev/codb0」は5GBになっていました。



これで、多少は安心して、追加インストールなどもできる。(するかな?)

データだけなら、そんなにはいらないかも。  



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andLinux:初期? 設定

2009-07-10 :  Linux系
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andLinux をインストールした後、使い勝手を考えると、幾つか設定しておいた方いい。

1.「日本語KB」対応ですね。
インストール直後は、us101(?)ですかね。「jp106」にしたい。
これは、インストール後、直ぐに行いました。

2.「タイムゾーン」の設定。
やはり、日本時間での表示がいいですね。
これは、g95 インストールの前に行いました。

3.「root」のパスワード設定。
「su」コマンドが使えない? 毎回「sudo」を付けて実行していました。
これは、「andLinux設定」にありました。(有り難う御座いました。助かりました。)
「root」にパスワードが設定されていない!
設定するのは、どうすればいいの?・・・・・
  「sudo passwd root」で出来ました。
これで、毎回コマンドの前に「sudo」を付けなくても、一回「su」しておけばいい!

4.インストールしたパッケージのアップデート。
インストールしたのは、「May 22nd, 2009」リリース版ですが、やはり中身は最新ではないかも。
これも「andLinux設定」の通り、
  # apt-get update
  # apt-get upgrade
で、出来るんですね。(素晴らしい!)

5.日本語対応???
これは、いいや。

とりあえず、以上で宜しかったでしょうか?(Linux ド素人なもんで。)

あと、「perl」も「Python」も入っているんですね。
試しに、「print」一行だけのもので実行してみました。



・・・・・確認OK。


それから、メニューには「Terminal」の他に、「Synaptic」ってのがある。
「Synaptic」って?
GUI でパッケージ管理(インストール)が出来るんだ。
此は便利だ!・・・・・今度使おう!

そうそう、「wget」が使えました。
・・・・・インターネットへのアクセスができているんだ。
インストールした時には、「ping」が飛ばないと書きましたが???)
もっとも、出来ていなければ、「apt-get」が使えないですよね(汗)

と云うことで、本格的(?)に、
Linux(正確にはandLinux)が使えるようになりました。  



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andLinux:g95 インストール

2009-07-07 :  Linux系
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XP で Ubuntu : coLinux」は、
coLinux 顛末記:玉砕」の如く、見事に玉砕しました。

失意のどん底(?)から救ってくれたのは、
「軽快なLinux環境をつくれる、coLinuxのセットアップ手順」の「wadap」さん?でした。
続き(?)があったのですね。
もっと簡単にcoLinuxを。andLinuxのインストール手順」です。

これを参考にさせて頂きましたが、
現在のものは、新しく成っているので、若干読み替える必要があります。


本家「andLinux.org」の「Installation」を熟読したのは、当然です。
(失敗を繰り返さない!!!)

その前に、「Requirements」は大事です。
  OS条件は、・・・Windows XP 32bit 版でOK
  メモリは、・・・3GBあるからOK
  ディスクは、・・・NTFSであること。
  そして、・・・「Some basic Linux skills to proceed once andLinux is installed 」も!

coLinux はC:に入れましたが、FAT32 なので、ダメ?
andLinuxはE:にしました。

ダウンロードしたのは「andLinux Beta 2 (final)」ですが、(KDE版では無くて)
wadapさんと同じ、「minimal / XFCE version」です。(andlinux-beta2-minimal.exe)

大凡、wadapさんの通りですが、
デフォルトとの違いは、
1.インストール先は E:¥andlinux¥
2.メモリ容量は、512MB
3.サウンドは、なし
4.ファイル共有方式は、CoFS
  で、共有ディレクトリは、E:¥CoFS¥
なお、ユーザ名・パスワードは指定するようになっていたので、指定。
見にくいでしょうが、インストール・ウィザード画面をキャプチャしました。


-------------------------------------


リブートして、インストール完了!

デスクトップに出来た「andLinux Console (FLTK)」アイコン ダブルクリックで、
立ち上がり、ログインできました。
そして、「Terminal」を起動。






設定は、日本語キーボードを使用可能に!

いろいろ悩んだが、結局
  「sudo loadkeys jp106」
で出来ました。

IPアドレスについては、弄っていません。(と云うか、変更できませんでした???)
192.168.11.150 ですね。ホストとの相互 ping はOKでした。
(インターネットへの ping はできない!!!)
ランチャからの「Terminal」起動はOK。


バンザイ、バンザイ、・・・・日本語文字表示は???(要らないコト ニ ス ル)

これから、いろいろ設定・追加しよう!
今度は大事に、頑張るゾ!

Linuxコマンドの勉強も必要!
ベースとなるUNIXなら、「UNIXコマンド」が良さそう。
  [リンクについて]
   当サイトへのリンクはご自由にどうぞ。報告も無用です。
有り難う御座います。使わせて頂きます。

こちら「Linuxコマンド百科辞典」は、
使わせて頂いて宜しいでしょうか?


と云うことでした。  



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