OpenFOAM 1.7 64ビット版( Linux )

2012-08-02 :  Linux系
テーマ:物理、化学、VM、Linux、IE、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
一昨日、
昼頃には、「カルシウム」がスコア変わらずでランク・ダウン(9位から10位)
20:10頃には、「化学」がスコア・アップでランク・アップ(10位から8位)
これで確定。
昨日、
朝方に「くりぃむしちゅー」がスコア・ダウンでランク・ダウン(2位から3位)
「Internet Explorer」もスコア・ダウンでランク・ダウン(3位から5位)
一方、「医薬品」がスコア・アップでランク・アップ(5位から4位)
「Mozilla Firefox」もスコア・アップでランク・アップ(7位から6位)
で21:25頃には「カルシウム」がスコア変わらずでランク・ダウン(10位から11位)
これで確定。
今朝は、
「医薬品」がスコア・ダウンでランク・ダウン(4位から6位)
「Internet Explorer」もスコア・ダウンでランク・ダウン(5位から6位)
更に「Mozilla Firefox」もスコア・ダウンでランク・ダウン(6位から7位)
結局、
ランクの数は、13、8、1、1、0、 2、1、2、0、0(45)で、
換算ポイントは、209pt にまで減った。
・-・ - -・

さて、本文。

先週(12-07-27)、
OpenFOAM 1.7 for Windows
で、
MS-Win で動く「OpenFOAM 1.7」は、32ビット版ならバイナリで入手できる。
と書き、入手しました。

MS-Win で動く 64ビット版は、頑張れば手に入る。
でも、<紙>には気力がない。

・・・・・

そう云えば、
昨年2月(11-02-04)に、
CAELinux:OpenFOAM の利用手段
を書いていた。

  ・・・・・
  第2の方法:
    OpenFOAM インストール済みのシステムを導入する
  を見ると、
    Linux や OpenFOAM のセットアップのハードルが高い人向けに、
    OpenFOAM セットアップ済みの Linux 環境が用意されている。
  とあり、
  CAELinux が載っている。
    CAELinux は、
    OpenFOAM だけではなく、
    様々な free の CAE ソフトがインストールされている Linux 環境。
    LiveDVD。2007, 2008 には VMware 版もある。
  ・・・・・

当時、「CAELinux2010」「CAELinux2007」両方をダウンロードした。
合計9時間ほど。(2~3日かけて)


「CAELinux2010」もですが、「iso」イメージファイル。
それを探しだして、VMware仮想マシンで見てみた。

当時は、HDDにインストールはしていなくて、
ライブDVDのまま動かしてみただけでした。


この「CAELinux2010」は、「Ubuntu 10.04」をベースとして、
「OpenFOAM 1.7 x64」が入っている。


これは、
と云うことで、新たな仮想マシンを作り、
DVDからHDDにインストールしました。

CAELinux2010.png


どうせ、CUI なら、なにもMS-Winに拘ることは無い。
まして、32ビットしかないのなら、64ビットの方が良い。


と、云うことで、
「OpenFOAM 1.7 x64」は Ubuntu 10.04 LTS にしよう。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Ubuntu に Asymptote 導入(仕掛り)

2012-03-19 :  Linux系
テーマ:物理、化学、大学野球、e-radio、薬事法、医薬品、医薬品業界、グルコサミン、アミノ酸。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、その後の観察で、
遅くとも17:05頃には、「大学野球」がスコア・アップで3位から一気に1位となった。
従って、ランクの数は、22、4、3、2、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントは、278pt にまで回復した。
で、これが、昨日の確定値。
今朝になって、
なんと「大学野球」がスコア大幅ダウンで再び3位に戻された。
さらに、「くりぃむしちゅー」がスコア変わらずで2位に後退。
なので、ランクの数は、20、5、4、2、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントも、272pt にまで下落。
ここのところの「大学野球」のスコア変動が大きい。
「くりぃむしちゅー」はお相手のスコアが徐々に増加で、こちらは不変だった。
・-・ - -・

さて、本文。

4日前の記事:PRC:U3Dに並ぶ 3D-PDFのキモ
そして、
一昨日の記事:Alien って何?
など、
「Asymptote」に拘っていた。

Asymptote」サイトから、
取り敢えず、(ホストのFirefoxで)
「asymptote-2.15.i386.tgz」をダウンロードした。

そして、VMのLinuxマシン(Ubuntu 10.04 32ビット版)にコピーした。

取り敢えず、ホーム・ディレクトリに置いて、
「tar」で展開した。

これだけで、動くはずが無いとは
分かっているが、端末(ターミナル)で、
「asy」とタイプしてみた。

当たり前ですが、
  「Asymptote はインストールされていないゾ」
です。
でも、
  「sudo apt-get install asymptote」
  とすれば、インストールできるヨ。
とでた。
おや、行ける???

やってみた。
インストール出来た。

Ubuntu_asy-com.png

それで、「help」とタイプしたら。
  「xpdf がインストールされていないヨ」
  「sudo apt-get install xpdf」でできますヨ
と云うので、
PDFビューアが入り、
「asymptote.pdf」が開いた。

それで、「Tutorial」にある。

  「draw ((0,0)--(100,100));」
一行だけのファイル「test.asy」を作り、
「asy -V test」とタイプした。

Ubuntu_asy-V-test.png

の如く、

  「gv が無いからダメ」

でした。

でも、「eps」ファイルが出来ていた。

Ubuntu_asy-out-eps.png



もう少し、勉強&環境設定すれば、
使えそうな気がしてきた。

頑張ろう!!!


尚、「Mac」系では、
こんなサイト:
Asymptote - TeX Wiki
があった。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Alien って何?

2012-03-17 :  Linux系
テーマ:物理、化学、大学野球、e-radio、薬事法、医薬品、医薬品業界、グルコサミン、アミノ酸。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、その後の観察で、
スコアにはそれなりの変動はあるものの、ランキングに結びつくようなものは無かった。
なので、ランクの数は、21、4、4、2、0、 0、0、0、0、0(45)のままで、
換算ポイントも、274pt のまま。
但し、20:00過ぎには、「化学業界」がスコア大幅ダウン。
すわ、「スコア一斉見直し」か? と、色めき立ったが自分だけ???
幸い(なのかナ)、ランクには響かなかった。
で、これが、昨日の確定値。
今朝になって、
「グルコサミン」がスコア・ダウンで2位に陥落。
で、ランクの数は、20、5、4、2、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントも、272pt にまで下落した。
・-・ - -・

さて、本文。


一昨日の記事:PRC:U3Dに並ぶ 3D-PDFのキモ
から、
「Asymptote」について調べていたら、

HOWTO: Asymptote on Ubuntu ? quick and dirty way

なるページを見つけた。

つまり、
  「Ubuntu」に「Asymptote」をインストールする方法。
  簡単?(素早く?) だが、ズルい?(汚い?) やり方。
ですか?


それで、その方法とは、
「Alien」を使う。と云うこと。



「Asymptote」は、元々Linux系ソフトで、
RPM(RedHat Package Manager)
で提供。
Windows ではCYGWINベース。


それで、Debian系のUbuntuでは、「.deb」が必要なので、
「.rpm」を「.deb」に変換するのに、「Alien」を使う。


「Alien」については、ここにあった。



それで、
「quick and dirty way」とは、

  To install the latest version of Asymptote on a Debian-based distribution
  (e.g. Ubuntu, Mepis, Linspire) you can either compile from UNIX source or
  use the Alien program http://kitenet.net/~joey/code/alien.html to convert
  the Linux RPM asymptote-x.xx-1.i386.rpm available on
  the Asymptote download page into a deb file
  suitable for installation via Dpkg:

  1. Install Alien (if not installed already):
     sudo apt-get install alien

  2. Convert the rpm into a deb:
     sudo alien --to-deb --scripts --keep-version asymptote-x.xx-1.i386.rpm

  3. Use Dpkg to install (or upgrade) the generated deb file into your system:
     sudo dpkg -i asymptote_x.xx-1_i386.deb

だそうですね。


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Ubuntu 11.10 Desktop 日本語 Remix 版

2011-10-24 :  Linux系
本日のテーマ:Linux、VM、IT関連、Firefox、Safari、IE、パソコン。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、9:30過ぎには「早稲田大学」が初の1位になった。
また、「大学野球」が2位に戻り、
ランクの数は 18、7、2、1、3、 0、0、1、0、1 (44) で、
換算ポイントは また260pt を付けた。
これが、昨日の確定値でした。
そして、今朝方は、特段の変化はなさそうです。
20時間以上 260pt が続いている。
・-・ - -・

さて、本文。

ブログ記事の分類カテゴリ「Linux系」については、
昨年(10月29日)の
PCLinuxOS も使うのかナ?」から、
かれこれ1年振りに(先月21日)、
Ubuntu 11.04 Desktop 日本語 Remix CD
を書き、
そして、今月14日に
20歳を迎える Linux
を書いた。
その後、
blogramスコア(bg)一斉見直し(2011-10-19)
があって、スコアが変動しており、
翌20日の日中に「Linux」ランクが2位に落ちた。
一斉見直しによる「VM」ランクが4位に大陥落に次いでショックです。

やはり、「Linux」「VM」関連の記事が少なくなっていたようです。

そんなとき、
愛用(?)の「Linux」は「Ubuntu」ですが、
「Ubuntu Japanese Team」のサイトを見ると、
Ubuntu 11.10 Desktop 日本語 Remix CD リリース
があった。10月16日 付けですね。

つまり、
Ubuntu 11.10 リリース
  10月13日、UbuntuチームはUbuntu 11.10をリリースしました。
を受けての、
「日本語 Remix 版」のリリースですね。

「リリースノート」
を引用。
  紹介
  このUbuntu 11.10(Oneiric Ocelot)向けリリースノートは、
  リリースに関連する概要と、
  Ubuntu11.10やその派生版の既知の問題をまとめたものです。

  リリースの概要
  Oneiric OcelotはUbuntuの主要フレーバーすべて(desktop、server、cloud、
  Kubuntu、Xubuntu、Lubuntu、Edubuntu、Mythbuntu、そしてUbuntu Studio)の
  新しいリリースが含まれています。
  このリリースのUbuntuフレーバーでは、Unity 2Dがフォールバックシェルとして
  第一の選択肢になったことにより、ハードウェアアクセラレーションがなくても
  完全なUnity体験をお届けします。LightDMがUbuntu、Edubuntu、Xubuntu、
  Mythbuntu、そしてUbuntu Studio用のログインマネージャーとして採用されました。
  これにはUnity Greeterのカスタマイズも含まれています。
  KubuntuはKDE PlatformやPlasma Workspaces、そして(Muonソフトウェアセンター
  を含む)アプリケーションのもたらす、最新のすばらしい機能を見せつけます。
  Ubuntu Serverには、「Juju」のテクニカルプレビューが提供されます。
  「Juju」は、各種サービスの簡単なデプロイを実現し、「Orchestra」を奏でる
  仕組みです。クラウド環境・ベアメタルマシンの両方、
  そしてARM環境をもサポートします。
  ・・・・・
以上。


早速、ダウンロード&インストールして、
触ってみなくては。


頑張ります。   <(_ _)>


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20歳を迎える Linux

2011-10-14 :  Linux系
本日のテーマ:Linux、VM、IT関連、Firefox、IE、早稲田大学、医薬品、薬事法、化学。
本文の前に、
-・・・ -・-
昨日は、その後午前中に「Linux」が2位に陥落。
ランクの数は、17、4、4、1、1、 1、0、1、1、0 (41) となり、
換算ポイントは 2pt 減の、235pt。これで、一日が終わった。
本日朝には「矢作紗友里」が初めての1位を付けた。
他に、「医薬品」がまた3位にアップした。で、
今朝時点のランクの数は、18、3、5、0、1、 1、0、1、1、0 (41) となり、
換算ポイントは 239pt。
でも、幾つか危ないのがあるので、心配です。
「早稲田大学」「大学野球」「福原忍」「甲斐田ゆき」「e-radio」「化学」
「医薬品」「VM」「アマチュア無線」・・・殆ど全部?(笑)
・-・ - -・

さて、本文。

些か古いニュースですが、
japan.internet.com 9月26日(月)6時31分配信 の記事
【Linux Tutorial】20歳を迎える Linux
がある。

  20年前、Linus Torvalds という名のフィンランド人開発者がシンプルなメッセージを
  送ったことで Linux の時代が始まった。
  Linux Planet とその世界のものはすべて、その時始まり、進化を遂げてきた。

  Linux Planet では先週も Linux 誕生20周年のお祝いが続いた。
  20年前のシンプルなメッセージから始まった同プラットフォームは、大小様々な
  Linux ベンダー各社から複数のアップデートが登場してさらなる拡大を遂げた。

と云うことで、

  1. Fedora 16がアルファ版に到達
  Red Hat の次世代コミュニティー Linux ディストリビューションは、
  次世代リリースの最初のマイルストーンが先週デビューした。

  Fedora 16は GRUB2ブートローダを搭載し、Systemd の統合を改善している。
  セキュリティの観点から見た場合、Fedora は導入が高速化されたコンパイル済み
  ポリシーによって SELinux セキュリティシステムが改善されている。
  ・・・・・

  2. Mandriva 2011がリリース
  以前 Mandrake と呼ばれていたこのディストリビューションは数年前から
  何度も課題に直面してきた。このような課題があったにもかかわらず、
  新バージョンはどんどん出てきた。

  今は最新リリースのMandriva 2011が登場し、Linux ディストリビューションを
  容易に利用開始できるようにすることを目的とした新しい外観を持つ
  インストーラが用意されている。
  ・・・・・

  3. Arch Linux 2011.5.19
  Arch Linux は多くの点で Fedora や Mandriva とは異なる。
  その違いの1つが Arch はリリースを行わないという点だ。
  Fedora や Mandriva と異なり、Arch Linux はパッケージが定期的に
  アップデートされ、新しいディストリビューションに対してはっきりした
  新バージョンのデータがないローリングリリースを行う。

  だが、Arch も時々は新しいユーザーやインストレーションに対応して
  インストレーションメディアをアップデートする。
  Arch Linux 2011.8.19メディアアップデートもそのような事例の1つなのだ。
  ・・・・・

  4. NetworkManager 0.9
  デスクトップに GNOME を利用するユーザーにとって NetworkManager は
  重要なインフラだ。
  その NetworkManager も先ごろアップデートされ、バージョン0.9になった。

  新バージョンはファストユーザースイッチングをサポートする。
  ・・・・・


  5. 20歳を迎えた Linux
  1991年8月19日は、Linus Torvalds 氏が世界に向けて Linux を初披露した日だ。
  それは、同氏が趣味で進めるつもりのプロジェクトだった。
  だがその20年後、インターネットのコアインフラから証券取引所や
  Android 携帯電話に至るまで、Linux は世界を動かしているのだ。

  すべてはニュースグループに投稿された短いメッセージから始まった。
  それは、今では最も有名な投稿の1つとなっている。

  ・・・・・


  数か月以内には実用的なものができると思います。
  そこで、多くの方が望む機能を知りたいと考えました。
  どのような提案も歓迎しますが、
  インプリメントできるかどうかはお約束できません(笑)
  Linus (torvalds@kruuna.helsinki.fi)

  PS. minix コードは一切使われておらず、マルチスレッドの fs を搭載しています。

  ただ、移植性は『ありません』(386のタスクスイッチングなどを使っています)し、
  手元にこれしかないので AT ハードディスク以外はサポートしないと思います(泣)。

  Linux 誕生20周年おめでとう。
  そして20年前にこの投稿をしてくれた Linus ありがとう。
  あなたの趣味が Linux Planet を動かし続けているのだ。


と云うことで、
オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Ubuntu 11.04 Desktop 日本語 Remix CD

2011-09-21 :  Linux系
Linux,(_ _).
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramランキングのスコア、
「e-radio」「アマチュア無線」カテゴリ、
それぞれ、2、3位のままダ。
頑張らなくては!
・-・ - -・
小嶋達也、福原忍、甲斐田ゆき、矢作紗友里、田畑藤本、くりぃむしちゅー。
さて、本文。

ブログ記事の分類カテゴリ「Linux系」
かれこれ1年も記事を書いていなかった。

最終は、昨年10月29日の
PCLinuxOS も使うのかナ?
その前は、10月12日の
10年10月10日リリース10.10

そこで、
Ubuntu Japanese Team」のサイトを見てみた。

2011年5月1日 付けで、
「Ubuntu 11.04 Desktop 日本語 Remix CD リリース」
があった。

「Ubuntu 11.04」のリリース日は、2011年4月28日。


Ubuntu 11.04 リリース」のページから、


  リリースの概要

  Ubuntu 11.04は、PCユーザー向けにラップトップやデスクトップやネットブックを
  サポートしており、"Unity"と呼ばれる新しいデスクトップシェルをベースとして
  統一感のあるルックアンドフィールになっています。
  このバージョンは、すべてのネットブックPC向けにリリースしていた
  Ubuntu Netbook Editionの後継になっています。

  開発者向けリファレンスイメージは、Texas Instruments(TI)のARMプラットフォーム、
  特に"PandaBoard"や"BeagleBoard"開発者向けシステム向けに提供されます。

  Ubuntu Server11.04はサーバーのプロビジョニングや電源使用量の削減を
  簡単に行うことができます。UECやEC2向けのUbuntu Server11.04には、
  新しいカーネル、改良された初期設定と設定オプションが搭載されました。

  Kubuntu、Xubuntu、Edubuntu、Mythbuntu、そしてUbuntu Studioの
  Ubuntu 11.04ファミリーも同じように多くのアップデートがあります。


そして、

  Ubuntuの変更点

  Ubuntuの新機能

  デフォルトのUbuntuデスクトップセッションは、Unityになりました。
  Unity launcherには多くの新機能があります。
  例えばドラッグアンドドロップによるlauncherアイコンの並べ替え、
  フルキーボードによるナビゲーションのサポート、
  キーボードショートカットによるlauncherの有効化、
  右クリックによるクイックリストのコンテキストメニュー表示、
  実行中のアプリケーションの切り替えなどが挙げられます。

  Unityの操作方法やショートカット操作は、
  以下のドキュメントを参照してください。

  ・・・・・

  GNOMEプログラムは、画面スペースが少なくてすむ
  新しいスクロールバーを使うようになりました。


  アップデートされたアプリケーション

  Ubuntu 11.04は標準のウェブブラウザとして最新のFirefox 4.0を搭載しました。

  LibreOffice 3.3.2は、11.04のデフォルトのオフィススイートとして
  OpenOffice.orgから置き換えられました。

  標準のミュージックプレイヤーは、RhythmboxからBanshee 2.0に置き換えられ、
  サウンドメニューに統合されました。


  改良された基本ソフトウェア

  11.04には、mainlineブランチの安定版カーネルである2.6.38.2をベースとした
  カーネルが搭載されています。

  ・・・・・


いろいろ変更点があるが、気になったのは、
オフィススィートが、「OpenOffice.org」から「LibreOffice 3.3.2」になったこと。

何故? どう云うこと?
調べてみると、
ウィキペディアの「LibreOffice
には、
  LibreOffice(リブレオフィス)は、他の主なオフィススイートと互換性を持ち、
  様々なプラットフォームで利用可能なオフィススイートである。
  略称としてLOやLibOなどが用いられる。

  開発目標は、OpenDocument(ODF)をサポートし任意の著作権の譲渡要件なしで、
  ベンダーに依存しないオフィススイートを生成することである。
  名称は、スペイン語とフランス語で自由を意味するLibreと、
  英語のOfficeを組み合わせた混種語である。
  フリーソフトウェアとして自由にダウンロード、使用し、また再配布することができる。
とあり、

  歴史
  LibreOffice 3.3.0 のプレゼンテーションソフトウェア“Impress”

  2010年1月27日、当時のOpenOffice.org開発元であったサン・マイクロシステムズが、
  オラクルに買収された。

  2010年9月28日、OpenOffice.orgプロジェクトの主要メンバーは
  The Document Foundationという新しいグループを結成し、
  OpenOffice.org の次期バージョン3.3をフォークしたLibreOfficeを作成した。
  オラクルに対してThe Document Foundationへの参加と、
  プロジェクトにOpenOffice.orgブランドを寄贈するように依頼がされ、
  暫定的にLibreOfficeの名で開発が行われることになった。
  その結果、LibreOfficeはOpenOffice.orgのバージョン番号を引き継いでいる。

  Ubuntu、OpenSUSE、Red Hat Enterprise Linuxなどを含む複数の
  Linuxディストリビューターは、次のバージョン以後は
  LibreOfficeを使用することを発表した。
  Go-OOがLibreOfficeにマージされた他、
  別のフォークで行われた改良も取り入れられると予想される。
とあった。

納得。
だから、2011-03-25 17:49 投稿記事:
ニュース: LibreOffice 3.3.2リリース - - OpenOffice.org ドキュメントプロジェク …
などがあるんだ。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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PCLinuxOS も使うのかナ?

2010-10-29 :  Linux系
OpenFORMに関連して、とあるソフトを探しているときに、
「PCLinuxOS」なるものを見つけました。

Wikipedia「PCLinuxOS」には、
  PCLinuxOS(ピーシー・リナックス・オーエス)とは、
  Linuxディストリビューションの1つである。
  PCLOSと略して呼ばれることもある。
とありました。

本家のサイトは、ここですか。

それで、
件(くだん)のソフトを組み込んだ「PCLinuxOS」はバージョン2007ですが、
この PCLinuxOS 2007 のライブCDを、
isoイメージファイル化したものをダウンロードしました。

以前書いたように(MobaLiveCD 遅すぎ)なのですが、
しつこく、MobaLiveCD で立ち上げてみました。

初めのうちは、Ubuntu 8.04 を立ち上げた時よりははマシかな、
と思っていましたが、・・・・・
途中のタイムゾーン設定場面ではモタつきが気になり、
終盤、完全に立ちあがる頃は、イライラが高まってきた。

そして、Firefox を立ち上げてみて、イライラが爆発しました。
(記念に? キャプチャしておきます)
MobaLiveCD_PCLinuxOS.gif


MobaLiveCD はやはりダメでした。

isoイメージファイル(ライブCD)の立ち上げは、(やはり
VMware Player 3 で作った「カラ」のVMマシンを使います。
(「カラ」とはHDDが初期状態と云う意味)

で、立ち上げてみました。この場合の、画面キャプチャです。
VMware_PCLinux.gif

こちらは、ストレス無しで立ちあがります。



因みに、「完成度の高いMandrake Linux派生ディストリビューション」と云う、
2009年7月16日の「PCLinux OS 2009.2」のレビュー記事へのリンクを載せます。
2009 だと日本語化も進んでいるようです。
でも、某ソフトは英語版なので、2007 で充分ですが。            


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10年10月10日リリース10.10

2010-10-12 :  Linux系
10.10 とは、10年10月10日にリリースされた、
Ubuntu(Linux)の最新版のバージョンのことです。
コードネーム:Maverick Meerkat

Ubuntu Japanese Team のニュースには、
Ubuntu1010jp.gif
まだ、完全な日本語のRemix版は無いようです。
(日本語対応版のインストールはできる)

Ubuntu homepageでは、
Ubuntu1010_1.gif

そこで「Desktop Edition」のページから
「Download」のページに行くと
Ubuntu1010_2.gif

デフォルトでは、
ダウンロード対象は、
「Ubuntu 10.10 - latest version」
「32-bit(recommended)」
と成っている。

そのままで、右の大きなボタンをクリックしてダウンロードしました。
693MBでした。

以降は、ガイドの通りですね。

step2:CDに焼く。
  CDライターは、フリーで。
  95 / 98 / ME / 2000 / XP / Server 2003 / Vista : Infra Recorder
  XP / Server 2003 / Vista : ISO Recorder
  Windows 7 : Right-click on an ISO image and choose 'Burn disc image'.
  もっと情報が欲しいときは、BurningIsoHowto を参照。
step3:CDから起動して試す。
step4:HDDにインストールする。


<紙>の場合は、
Ubuntu 10.04 LTS x64」と一緒です。

step2:VMware Player 3 で仮想マシン(VM)を作る。
step3:(ダウンロードした)isoイメージファイルを、
   CDドライブにマウントして起動する。
・・・・・


仮想マシンは、先ずOSとして「Linux」を選び、バージョンを「Ubuntu」とする。
HDD容量はデフォルトの20GB。
CPU は2つ、メモリは2GB、に修正。
(USB、サウンド、ネットワークはデフォルトで設定されている)

以上で、また1台マシンを作りました。
「仮想」ですから、PCはあっと云う間にできます。

但し、
VM の BIOS を設定する」の如く、
BIOS設定画面を出す(F2キーを押下する)ための時間稼ぎが必要です。

起動デバイスのサーチ順序で、CDDをHDDに優先させる設定を行う。


早速、CDからブート。
(Ubuntuの)最初の画面
Ubuntu1010_inst-0.gif

「F2キー」を押すと、言語選択画面になる。
Ubuntu1010_inst-1.gif
当然「日本語」を選んで、進めると、
「どうする?」とでますね。
Ubuntu1010_inst-2.gif

上記のstep3の通り、「試してみる」を選ぶと、
程なくして、立ちあがった。

なお、最初の画面で放置しておくと、こんな英語の画面になる。
Ubuntu1010_inst-3.gif


CDブートで立ちあがったところで、
10.10 で何が変わったか?
「Ubuntu Japanese Team」には、
  ソフトウェア・センターの最初のページに、
  「注目ソフト」と「新着ソフト」という
  ショーウインドウが搭載されました。
とある。
「ソフトウェア・センター」を開いて見ました。
Ubuntu1010_inst-4.gif
これですね。

次の、step4 では、HDDにインストールすることですね。
そうすると「Ubuntu 10.10 i386」マシンができます(VMですけどね)

さて、それからどうするか?         


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Avogadro-MOPAC-Open Babel-Jmol

2010-09-29 :  Linux系
Ubuntu(Linux)で、化学系 MOPAC を使う環境は整った?
Avogadro 「Linux で化学
MOPAC 「Linux に MOPAC 導入
Open Babel 「Linux に Open Babel を導入
Jmol 「Linux で スタンドアロン版 Jmol

これらのソフトを使って、処理をする一連の流れをまとめます。

1.Avogadro で分子構造モデリング
Avogadro で分子構造モデリング」の通り、
(1)Draw ツールで、分子構造を作成し、
(2)「エクステンション」メニューの「構造最適化」で(仮?)最適化を行い、
(3)「エクステンション」メニューの「MOPAC...」でmopac入力ファイルを作成する。
但し、デフォルト設定では、mopac7 では処理できない。
(デフォルトの入力ファイル作成画面)
Avogadro_MOPAC-input.gif


2.テキストエディタで MOPAC 入力ファイル作成
(1)上記 1.(3) で作ったファイル(・・・.mop)を修正して、
(2)ファイル名を「FOR005」として保存する。
(Avogadro の出力ファイル)
MOPAC-mop_x.gif
赤枠の行を修正(必須)
青枠の部分は、mopac7 で警告メッセージを出させない為に修正
ファイル名は緑枠のように修正(必須)
(修正後のMOPAC入力ファイル)
MOPAC-FOR005_x.gif


3.MOPAC7 の実行
  上記 2.で作ったファイル「FOR005」があるディレクトリに移動して、
  「/usr/lib/mopac7/opac7 >FOR006」で実行する。
(コマンド実行)
mopac7_exec.gif
(結果のディレクトリ内)
mopac7_out.gif
の様に、
入力ファイル「FOR005」・・・・・2.で作ったもの
出力ファイル「FOR006」・・・・・今できた、最適構造データ
補助出力ファイル「FOR011」「FOR012」・・・・・MOPAC計算のログ/サマリ
中間ファイル「FOR009」「FOR010」・・・・・計算途中のバイナリデータ
となる。
基本的には、FOR005(入力)と FOR006(出力)でOK?


4.Open Babel でファイル形式変換
  上記 3.でできた MOPAC 出力形式ファイル「FOR006」を
  (例えば)「mol」形式ファイルに、Open Babel で変換する。
ターミナルで、「babel -imopout FOR006 -omol CH3COOH.mol」と打ち込む。
(MOPAC出力ファイル FOR006 を、mol 形式ファイル CH3COOH.mol に変換する)
(コマンド実行)
babel_conv.gif


5.スタンドアロン版 Jmol で表示
  コマンドで、Jmol を起動し、
  「File」メニューの「Open」で、
  上記 4.で作った CH3COOH.mol を読み込む。
(表示結果)
_jmol_mol_x.gif
(赤枠の3つは、上記の各コマンド履歴)


もっとも、「mol」形式ファイルなら、「Avogadro」でも読み込めます。
(4.から1.へ。 Jmol は要らない?)

(Avogadro表示結果)
_Avogadro_mol.gif


また、「Linux で スタンドアロン版 Jmol」で、
  対応ファイルには「MOPAC」が書かれていない?
と書きましたが、
説明文を良く読んでみると、
 「以下を含む、多くのファイル形式に対応している」
と云うことで、そこに書いてあったのは、代表的なものだけだったのですね。
MOPAC出力ファイル(上記 FOR006)は読めました。

と云うことは、
上記手順の「Open Babel で変換」をしなくても「MOPAC」->「Jmol」と繋がる。
(3.から5.へ)


それから、
MOPACの出力は「FOR011」や「FOR012」と思っていましたが、
一般的に云う出力ファイルとは、(デフォルトでは、標準出力となる)「FOR006」だった!

「Winmostar」の用語では、
「FOR005」= ・・・.dat
「FOR006」= ・・・.out
「FOR011」= ・・・.log
「FOR012」= ・・・.arc
と云うことですね。

で、今日の 部活動 は終了です。        


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Linux に Open Babel を導入

2010-09-21 :  Linux系
Jmol で MOPAC出力形式ファイルが読めない(?)のなら、
ファイル形式の変換が必要ですね。
それなら、「OpenBabel」でしょうか。
MS-Windows に入れていました:「OpenBabel for Win GUI」(2009年11月2日)

Linux で化学2:科学?」で書いた、「Linux で科学しよう!」にもありました。
Linux で科学しよう! - Open Babel」では、
  Open Babel は、分子モデリングの分野で用いられている様々なプログラムごとの
  ファイル形式を、相互に変換するプログラムです。
  Pat Waltersさん、Matt Stahlさんによる Babel の、オープンソース版です。
とあります。

早速、Linux(VM の Ubuntu 10.04 x64)で、
「babel」と打ち込んでみました。
Linux_Openbabel-0.gif
(予想通り)入っていませんね。

「次のように入力することでインストールできます:」
と云う指示通り、「sudo apt-get install openbabel」と打ち込むと、
Linux_Openbabel-1_1x.gif

Linux_Openbabel-1_2x.gif
インストールできました。
それで、「babel -H」とすると、今度はOKですね。

このヘルプを見ると、
対応するファイル形式(The following file formats are recognized:)には、
Linux_Openbabel-2.gif
MOPAC の出力:mopout(又はmoo)が読取専用で可。
出力形式では、mol や下の方には、pdb、xyz なんかもある。

ここまで来ると、
「MOPAC」->「OpenBabel」->「Jmol」と繋がる。
その前は、「Avogadro」->「エディタ」-> で「MOPAC」へ?

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。         


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Linux で スタンドアロン版 Jmol

2010-09-19 :  Linux系
分子構造表示ツール:Jmol について、「Linux で Jmol」では動きましたが、
これは、ブラウザ内での Jmol であって、
ローカルのファイルを読み込ませることが出来ない。

一方、ローカルのファイルを読み込ませることも出来る、
「ICSD の Jmol」や「Jmol Crystal Symmetry Explorer」は Linux では動かない?

こうなると、ローカルのファイルを読み込ませることの出来る、
スタンドアロン版 Jmol をインストールしなければ、
「Avogadro」->「MOPAC」->・・・と続くビューアが無い!

Jmol のサイト」には、
  Jmol is a free, open source molecule viewer for students, educators,
  and researchers in chemistry and biochemistry.
  It is cross-platform, running on Windows, Mac OS X,
  and Linux/Unix systems.
  ・The JmolApplet is a web browser applet that can be integrated into
   web pages.
  ・The Jmol application is a standalone Java application that runs on
   the desktop.
  ・The JmolViewer is a development tool kit that can be integrated into
   other Java applications.
と、3種類が載っていますね。
上記のものは、「JmolApplet」と云うのですね。
以下に記すのは、「Jmol application」と呼ぶのでしょうか。
他に、「JmolViewer」もあるんですね。


それで、MS-Windows にスタンドアロン版 Jmol を導入したのは、昨年(2009年2月)でした。
(「部活:ツールあれこれ」)
これは、前のマシンです。(現行マシンには入っていません)


さて、Linux(VM の Ubuntu 10.04 x64)に入れるには、・・・・・
Jmolのインストール」が参考になりますね。
(バージョンが古いので、読み替えが必要ですが)
Linux で、ソフトを導入する方法」で纏めた中の3番目の方法ですね。

似たようなことは前にもやっていました。
昨年(2009年7月7日)の「andLinux:g95 インストール」や、
12月8日の「Zeobuilder 導入:再挑戦」です。


先ず、
 ・ 事前にJREをインストールしておくこと。
これは、済んでいますね。(「Linux で Jmol」)
そして、
 1.ダウンロードサイト(SourceForge.net)からダウンロードする。
今では、「Jmol-12.1.10-full.tar.gz」となっています。
次に、
 2.書庫を解凍し、作成されたディレクトリを適当なところにコピー。
  ・ tar zxvf jmol-11.6.14-binary.tar.gz
  ・ sudo cp -r jmol-11.6.14 /usr/local/etc/
  ・ sudo ln -s /usr/local/etc/jmol-11.6.14/jmol.sh /usr/local/bin/jmol
 のようにPATHの通ったディレクトリに、jmolという名前で、
 jmol.shのシンボリックリンクを置いておくと、・・・
これは、
「/home/kami/Jmol」にダウンロードし、
  cd Jmol
  tar zxvf Jmol-12.1.10-full.tar.gz
  sudo cp -r Jmol-12.1.10 /usr/local/etc/
  sudo ln -s /usr/local/etc/jmol-12.1.10/jmol.sh /usr/local/bin/jmol
としました。

これで、「アプリケーション」->「アクセサリ」->「端末」を起動し、
そのまま、「jmol」と打ち込めば起動しました。

Avogadro で分子構造モデリング」で作った「CH3COOH.cml」を読み込ませてみました。

Linux_local_Jmol.gifクリックで拡大

起動・動作はOKですね。

でも、対応ファイルには「MOPAC」が書かれていない?

Jmol のサイト」には、
対応ファイル形式として載っているのに???

これでは、「MOPAC」計算結果から直接「Jmol」入力が出来ない?
少し、頭を冷やして・・・・・
と云うことで、今日の 部活動 は終了です。          


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Linux で、ソフトを導入する方法

2010-09-17 :  Linux系
Linux と云っても、<紙>の場合は、Ubuntu です。
Ubuntu 以外は、全く分かりません。
と云っても、Ubuntu もまだまだ駆けだしですが。

これまでの、VM マシンの Ubuntu 10.04 での経験を纏めます。
それで、アプリケーション・ソフトウェアを導入するには、・・・・・

一番簡単なのは、
「アプリケーション」メニューの「Ubuntuソフトウェアセンター」から、
表示選択方式で、選んでクリックするだけ。
この方法で「Avogadro」なんかを導入しました:「Linux で化学
(Ubuntuソフトウェアセンターにあるものだけですが)
Ubuntu 10.04 なら本当に簡単です。

次に簡単な方法は、
「システム」メニューの「システム管理」にある
「Synaptic パッケージ・マネージャ」を使う方法でしょうか。
Kalzium インストール」の時に覚え、「Linux に MOPAC 導入」で実践しました。
これも、見つかればですが、ほぼワンクリックで出来ます。

最後(?)に、それでも見つからないときは、
(「wget」と)「apt-get」を使って、ダウンロード・インストールを行う方法でしょうか。
大抵は、そのソフトのインストール手順に載っているハズです。
Zeobuilder 導入:再挑戦」で、
「Zeobuilder」のダウンロードサイトにある「InstallationGuide」に従って成功しています。

なお、新しいものでは、aptitude でしょうか。
  aptitude は apt-get の後継として開発され、コマンドラインの機能はほぼ同じ。
  aptitude install hoge が apt-get update; apt-get install hoge に相当する。
と云うことですかね。
パッケージ管理コマンド対応表」もブックマークしよう。

と云うことで、Linux のメモでした。        


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Linux に MOPAC 導入

2010-09-15 :  Linux系
MS Windows に MOPAC を導入したのは、
昨年(2009年)2月中旬でした。(化学部活:エタノール)

Linux(VMマシンのUbuntu 10.04)にAvogadroを導入(Linux で化学)し、
見よう見まねで、1分子の構造を作り最適化してみました。
(Avogadro で分子構造モデリング)

ここはやはり、本格的に構造最適化してみたい。
それなら、分子軌道法計算ソフトの「MOPAC」の導入ですね。

「MOPAC」の情報については、「Linux で化学2:科学?」にありますが、
Ubuntu のバージョンが合わないとか、インストール手順がイマイチです。

こういうときは、「Synaptic パッケージ・マネージャ」を使うんでしたね。
Kalzium インストール
の時に勉強したハズなのに。(汗;

早速、Synaptic パッケージ・マネージャを立ち上げ、
「mopac」で検索してみました。
Synaptic_mopac1.gifクリックで拡大(別窓)

1番目に「mopac7-bin」が見つかりました。
これを、インストール指定のマークをしようとすると、
その下の「libmopac7-1gf」も一緒に!と来ます。
“はい”と云うことで、「マーク」をクリックしました。

Synaptic_mopac2.gifクリックで拡大(別窓)

これで、(上の)緑チェックマーク「適用」が現れたので、クリックしました。
Synaptic_mopac3.gifクリックで拡大(別窓)

「適用」をクリックすると、数秒で、ダウンロードからインストールまで終了。
Synaptic_mopac4.gifクリックで拡大(別窓)

これでおしまい?
Synaptic_mopac5.gifクリックで拡大(別窓)


で、どこに入ったの?
Linux_mopac7_1.gifクリックで拡大(別窓)
コマンドエラーですね。

再度、Synaptic パッケージ・マネージャで、「mopac7」のプロパティを見ると、
Linux_mopac7_2.gifクリックで拡大(別窓)

「/usr/lib/mopac7」に「mopac7」があるって。

では、とりあえず(パラメータ無しで)・・・・・
Linux_mopac7_3.gifクリックで拡大(別窓)
動いた!

「ファイル・ブラウザ」で見ると、「FOR005」なるファイルが出来ている?
Linux_mopac7_4.gifクリックで拡大(別窓)

そうだった、(オリジナルの)MOPACでは、入力ファイル名は「FOR005」と云った名前で、
出力ファイル名は「FOR011」とか「FOR012」とかと云ったようでした。
(昨年4月の「部活:修行が足りない!」で参照した『Macで遷移構造』で勉強したハズなのに)
MS Windows の「Winmostar」(mopacのフロントエンド)に助けられていて、忘れていた。


とりあえず、Linuxマシン(VM の Ubuntu 10.04 x64)で「MOPAC 7」が動いた。

「Avogadro」と連携して、使いこなそう!!!

1つ気になるものを見つけてしまった。
「avogadro mopac ubuntu」で検索すると、
Lucid_Avogadro.gifクリックで拡大(別窓)

Lucid(即ち、Ubuntu 10.04)において、Avogadro にバグがある。
Avogadro で生成した MOPAC入力ファイルでは MOPAC7 は動かない!

これは、困った。
(手作業が入る、ってことですね。)
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Linux で化学2:科学?

2010-09-14 :  Linux系

昨日(2010年9月13日)の記事「Avogadro って、クロスプラットフォーム!」で、
  Avogadro、日本人にはマイナーなものなのか?
  Linux系がメインのソフトは日本人には向かないのか?
なんて書きました。

Linuxで分子軌道法計算ソフトの「MOPAC」を使っているサイトを検索していたところ、
これはブックマークしなければ、と思ったサイトがありました。
Linux で科学しよう!
です。
  ここでは、メディアラボ が厳選した興味あるアプリケーションを、
  LinuxMLD 7、 MLD 6 および MLD 5 用の RPM パッケージを用意して
  御紹介します (一部のパッケージは LinuxMLD 7 対応は作業中です)。
  アプリケーションの機能紹介だけでなく、使い始め方、
  「はじめの一歩」を解説しています。
とあります。

「メディアラボ」とは、
1995(平成7年)4月 設立の、メディアラボ株式会社 のことですね。
平成7年って新しい(と、昭和人間には思えたが)もう、15年も経っているんですね。
また、LinuxMLD とは、Linux Media Lab. Distribution のこと。
つまり、Linux ディストリビュータですね。


「分野別アプリケーションの御紹介」の一部をキャプチャさせて頂きました。
Media_Lab_AP.gifクリックで拡大(別窓)

最初の「化学・生物学」に分類されているものの中では、
・Garlic -- タンパク質構造(PDB)の可視化
・KUMI -- 分子構造データの Z-matrix エディタ
・MOPAC7 -- 半経験的分子軌道計算プログラム
あたりが気になるものです。

特に、「MOPAC7」は、「Avogadro」との連携ソフトとして探していたものです。

それから、下の方の「電気工学・機械工学・コンピュータ科学」に分類されている、
・Gnome Flow -- 流体の流れをシミュレート
は(そのうち)導入してみたいソフトです。

と云うことで、Linux ディストリビュータとして、
こういうサイトを作っているのは大歓迎です。
ただ、メンテが充分では無い?(最終更新日が [2007/01/25])          



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Avogadro で分子構造モデリング

2010-09-12 :  Linux系
Linux(Ubuntu 10.04)では、
「Avogadro」と云う分子構造エディタがあり、
また、「BALLView」なる分子モデリング&表示ツールがあると書きました。
--->「Linux で化学

「Avogadro」の「分子構造エディタ」って、「モデリング」のことですよね。
つまり、この2つは、ある意味競合するソフトでしょうか。


先ずは、「Avogadro」で例の(?)「CH3COOH」(酢酸)を作ってみました。
いろいろ弄って、どうにかそれらしくなったところで、
さらにメニューを見ていると、
「エクステンション」メニューに「構造最適化」がありました!
他にも、分子軌道法計算ソフトの「GAMESS」や「MOPAC」等々の名前もありますね。

Avogadro_menu_x.gif

とりあえず、構造最適化を行ってみました。
良さそう?

それで、最適化された構造を確認するため、
化学物質検索サイト「ChemSpider」で検索した結果と比べてみます。


  化学物質検索サイト「ChemSpider」は、(結晶はダメのようですが)検索時の
  ポータルサイトとして、大変便利ですね。
  --->4月の「化学式による検索4


ホストマシンで、「ChemSpider」検索結果の「CH3COOH」を、
VM の Linux(Ubuntu 10.04 x64)で、
「Avogadro」でモデリング&最適化したものを、並べてみました

ChemSpider_Avogadro.gif


見た目は一緒?
細かく、原子間距離や角度を測ってみると、
若干異なっていますが、・・・・・

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